Vojtěch Novotný v rámci projektu, který i nadále pokračuje v jednom z nejsložitějších ekosystémů na světě, zkoumá ekologické vztahy mezi rostlinami a býložravým hmyzem ve snaze porozumět pro Evropany poněkud zvláštní struktuře tropických lesů. Tropický prales vypadá spíš jako uměle vysázené arboretum, neboť jsou v něm promíchány desítky až stovky různých druhů stromů, aniž by některý z nich ve vegetaci převládl. Něco takového biologie nesnadno vysvětluje, neboť z podmínek mírného pásma jsme zvyklí na bučiny, smrčiny, doubravy a další typy lesů, které jsou pojmenované po jednom druhu stromu, jenž dominuje. Jedna z ekologických teorií vysvětlujících odlišnost tropických lesů předpokládá, že vysoká druhová rozmanitost stromů je udržována jejich nepřáteli, tedy býložravci a patogeny. Jakmile se jakýkoliv druh stromu rozšíří a začne převládat nad ostatními, stane se snadným a snadno nalezitelným cílem pro své přirozené nepřátele, jež ho nesnadno hledali, dokud byl vzácný. K těmto nepřátelům patří i tisíce druhů býložravého hmyzu studovaných v rámci Novotného výzkumu. Hledání odpovědí na otázky, zda jsou různé druhy hmyzu skutečně specializované na jednotlivé druhy stromů a mohou tedy reagovat na změny v jejich početnosti, a jak moc vlastně takoví býložravci stromům škodí, patří mezi hlavní výzkumná témata profesora Novotného. Zkoumané druhy je samozřejmě nutné také blíže poznat, popsat a katalogizovat, většina tropické rozmanitosti hmyzu zůstává totiž stále vědě neznámá. Výzkumný projekt odhadl, že v tropických lesích žije šest milionů druhů hmyzu, zatímco vědecky jich je popsán dosud jen milion.
Výzkum prof. Novotného na Papui-Nové Guineji má i praktický význam pro ochranu přírody. Tropické lesy v této zemi jsou vlastněny tradičními kmenovými společenstvími. Oceněný výzkumný projekt, jenž s nimi již 20 let spolupracuje, vedl k vyhlášení dvou chráněných oblastí. Jde o vzájemně výhodnou spolupráci. Vlastníci pralesa ho otevřeli pro výzkum a získali tím možnost se na výzkumu také sami podílet, což samozřejmě přináší i mzdy za práci v terénu, jakož i příjem za ubytování a provoz terénních stanic. Ti nejnadanější z místních asistentů se nakonec stávají výzkumnými techniky a někteří i vědci, po vystudování místní univerzity a dalším studiu v zahraniční, včetně ČR. Takto vybudovaná výzkumná základna láká i četné zahraniční výzkumné týmy. Poskytuje totiž nejlepší možnosti ekologického výzkumu na ostrově Nová Guinea, na němž žije celá dvacetina všech druhů rostlin a živočichů planety. V Novotném založené stanici mají také příležitost získat nové zkušenosti doktorandi z Jihočeské univerzity. Výzkumná oblast Wanang Conservation Area, ve které Novotný působí již přes dvacet let, byla za projekt ochrany tropického lesa oceněna prestižní Equator Prize UNDP.