Za svůj projekt Vegetace České republiky: dokončení národního přehledu rostlinných společenstev získal profesor Chytrý v roce 2012 Cenu předsedy GA ČR. Projekt završil dlouholetý terénní výzkum a komplexně se věnoval moderní klasifikaci vegetace na našem území. Cílem byla inventarizace rostlinných společenstev na základě sběru fytocenologických snímků a jejich uspořádání do databáze obsahující v současné době více než 100 000 položek.
Hlavním výstupem projektu byla čtyřdílná monografie Vegetace České republiky, která vyšla v letech 2007-2013 a je nejmodernější svého druhu na světě. I proto se Milan Chytrý stal vedoucím či partnerem podobných projektů na evropské úrovni, jako je například databáze Evropský vegetační archiv, jejímž je koordinátorem.
Významnými navazujícími projekty jsou vegetační syntézy pro Evropskou agenturu životního prostředí nebo tvorba Červeného seznamu evropských biotopů a Evropského přehledu vegetace, které byly vydány v roce 2016. Ty jsou podporovány evropskými zdroji a GA ČR v rámci Centra excelence Pladias.
Pomocí přehledu rostlinných společenstev mohou odborníci snáze hledat odpovědi na ekologické otázky, jako například jaké konkrétní přírodní podmínky (intenzita ozáření, teplota nebo množství dostupných živin) jsou zodpovědné za to, že se na daném místě nachází určitá kombinace nebo větší či menší množství druhů. Umožňuje též studium chování a šíření invazivních druhů, tvorbu map, rozšíření určitých druhů a využívá se i v ochraně přírody.