Narozen v roce 1957 v Bílovci. Vystudoval Vysokou školu zemědělskou v Brně, Fakultu agronomickou, specializaci rybářství. V roce 1992 v Ústavu živočišné fyziologie a genetiky AV ČR v Liběchově u Mělníka obhájil titul CSc. V roce 1996 získal ve Výzkumném ústavu živočišné výroby v Praze-Uhříněvsi titul doktora zemědělsko-lesnických věd (DrSc.). Na Biologické fakultě Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích (nyní Přírodovědecká fakulta JU) se v roce 2000 habilitoval jako docent molekulární buněčné biologie a genetiky. Na návrh Zemědělské fakulty JU byl v roce 2006 jmenován profesorem speciální zootechniky.
K hlavním tématům jeho výzkumné práce patří: genetika a reprodukce ryb, uchovávání gamet, umělé osemenění, hodnocení kvality a kvantity gamet, kompetice rybích gamet, genomové manipulace se šlechtitelským programem u ryb.
V letech 1981–1985 absolvoval studijní pobyt ve Výzkumném ústavu rybářském a hydrobiologickém (VÚRH) ve Vodňanech, kde dodnes působí jako vědecký pracovník. V letech 1990–1997 absolvoval řadu pobytů a stáží ve Francii, USA a Singapuru, z nichž nejvýznamnější byl pobyt ve Francii v letech 1993–1995 na Univerzitě v Angers, kde působil v roli hostujícího docenta. V letech 1994–2005 se jako vedoucí podílel na vědecké profilaci oddělení genetiky a šlechtění ryb VÚRH, v letech 2005–2009 byl ředitelem tohoto ústavu.
Od roku 2009 je děkanem Fakulty rybářství a ochrany vod Jihočeské Univerzity (FROV JU), jejíž součástí je i VÚRH. Od roku 2010 je zároveň ředitelem Jihočeského výzkumného centra akvakultury a biodiverzity hydrocenóz (CENAKVA). V letech 1998–2003 učil na Přírodovědecké fakultě JU, v letech 2004–2009 na Zemědělské fakultě JU. V současné době vyučuje předmět Reprodukce ryb ve studijním oboru Rybářství FROV JU. Od roku 2004 je také předsedou Oborové rady doktorského studia Rybářství FROV JU a vede řadu doktorských prací. Vedle výuky na JU a vedení kurzu Akvakultury na Universitě v Angers v letech 1993–1994 vedl v období 1998–2002 také kurz Reprodukce a genetiky na Metropolitní univerzitě v Mexico City.
Je autorem či spoluautorem 167 původních vědeckých prací v recenzovaných časopisech především z oblasti rybářství. Mezinárodní aktivity Otomara Linharta se datují od 16. 11. 1989, kdy přijal pozvání profesora Rolanda Billarda ke stáži do Francie. Byl a je řešitelem či spoluřešitelem řady grantů a vědeckých projektů v ČR od roku 1986 a v zahraničí od roku 1992, a to v USA, Mexiku, Singapuru, Číně, ve Francii i dalších zemích EU. Patří mezi nejcitovanější české rybářské autory v rámci citačního indexu SCI (v období 1986–2014) s h-indexem podle Web of Science na úrovni 24.
Jako člen předsednictva Grantové agentury ČR působí prof. Linhart od ledna roku 2009.