Nový trilaterální projekt (ČR – Německo – Polsko)

Grantová agentura České republiky (GA ČR) podpoří ve spolupráci s partnerskou německou agenturou Deutsche Forschungsgemeinschaft (DFG) a polskou agenturou Narodowe Centrum Nauki (NCN) nový tříletý výzkumný projekt.

Projekt „EEG/ECoG based functional connectivity neuroimaging in the rat – optimisation, standardisation and translational leap in neuropsychopharmacology“ doktora Tomáše Páleníčka z Národního ústavu duševního zdraví a jeho spoluřešitele docenta Jaroslava Láčíka z Vysokého učení technického v Brně se zaměří na vytvoření standardů a doporučených postupů Elektroencefalografie (EEG) u potkanů. EEG je neinvazivní diagnostická metoda používaná k záznamu elektrické aktivity mozku prostřednictvím povrchových elektrod. Spolu s českými řešiteli budou na projektu spolupracovat i profesor Theodor Doll z Hannover Medical School a profesor Daniel Wójcik z polského Nencki Institute of Experimental Biology. Vypracováním postupů položí řešitelé základy pro translační EEG použitelné jak v základním výzkumu, tak ve farmako-EEG.

Oznámení o výsledku společné výzvy k podávání česko-německp-polských projektů hodnocených na principu LA v základním výzkumu (pdf)

Hodnocení návrhu projektu proběhlo na principu Lead Agency — kdy je návrh hodnocen pouze jednou z dotčených agentur, tzv. Lead Agency, a ostatní od ní její hodnocení přebírají. V případě tohoto návrhu projektu byla Lead Agency GA ČR. Projekt se začne řešit ještě v letošním roce a jednotlivé náklady vědců budou hrazeny tou agenturou, z jejíž země vědci pocházejí.

Iniciativa WEAVE, jejíž je GA ČR zakládajícím členem a díky níž tento a další mezinárodní projekty mohou být podpořeny, má za cíl usnadnit vědeckou spolupráci mezi celkem 12 evropskými agenturami podporujícími základní výzkum.

Výsledky rozhodnutí o podpoře dalších česko-německých projektů (GA ČR v roli Lead) budou oznámeny v blízké době.

 

 

Proudění větru a jeho vliv na válcovité objekty ve stavebnictví

Hlavním vědeckým přínosem projektu podpořeným Grantovou agenturou ČR (GA ČR) bylo stanovení charakteristik proudění v okolí válce a vyšetření aerodynamického a aeroelastické odezvy v turbulentním proudu v kritickém a přechodovém režimu, tedy za rychlostí obvyklých ve stavební aerodynamice. Ty se stanovují parametrem, kterým je tzv. Reynoldsovo číslo. Výsledky projektu kromě teoretického poznání, jak probíhají procesy v mezní vrstvě a v oblasti teorie vzniku samobuzených kmitů, najdou uplatnění taktéž v praktických aplikacích při konstrukčních řešeních nebo kodifikaci zatížení staveb.

Projekt profesora Stanislava Pospíšila z Ústavu teoretické a aplikované mechaniky AV ČR přinesl nové přístupy k vysvětlení chování proudění a podstaty jevů existujících při dvourozměrném proudění vzduchu kolem válce s drsným povrchem, a to v rozsahu Reynoldsova čísla charakteristického pro nízké a středně vysoké turbulence proudu, typické pro reálné situace.

Aerodynamika je širokým vědním oborem, ve kterém je studováno proudění vzduchu kolem různých objektů. Patří mezi obtížné teoretické disciplíny s širokým uplatněním téměř kdekoliv, kde vzduch nebo plyny existují. Je to dáno především tím, že plyny se řadí mezi tekutiny, které tekou s nízkými i vysokými rychlostmi, což znamená, že proudění se odehrává v různých režimech, ve kterých jsou již vlastnosti plynů rozdílné. Aerodynamika je využívána při stanovení sil působících na dopravní prostředky, v oblasti energetiky, ale rovněž i pro návrhy vnitřních účinků proudění v motorech, při výpočtech chlazení, stanovení komfortu v místnostech a prostorách provozů.

Zajímavostí je, že z oblasti aerodynamiky pochází jeden z tzv. nevyřešených problémů techniky. Jedná se o turbulentní proudění, které přivádí vědce k otázce, zda je vůbec možné vytvořit jeho teoretický model k popisu statistik jeho vnitřních struktur. V minulém století se oblast aerodynamiky rozšířila i do oblasti stavebnictví a návrhu inženýrských konstrukcí. Také se vyvinul obor příbuzný – stavební aeroelasticita, kterou lze definovat jako součást mechaniky zabývající se nejen působením vzdušných sil na konstrukci, ale i jejich interakcemi s konstrukcí, která se pohybuje. Tato disciplína zasahuje proto do důležitých oblastí bezpečnosti staveb a infrastruktury, ale také třeba kvality životního prostředí a energetiky, akustiky a optimalizace návrhu vysokých staveb. Jen do roku 1940 se v důsledku silných bouří mnoho konstrukcí a mostů zřítilo, aniž by byly známy přesné příčiny těchto katastrof. Jednou z nich byl například kolaps mostu v Tacomě (USA), který v podstatě nasměroval výzkum v aerodynamice i do stavebnictví, což vedlo k bezpečnějším návrhům a v podstatě zamezilo opakovaní podobných katastrof.

Vítr a jeho statické působení jsou tedy významnými faktory při návrhu konstrukcí a škody, které vítr každoročně způsobí, jsou důvodem mnoha alarmujících titulků v novinách. Méně je známo, že nezanedbatelná část škod vzniká v případech, ve kterých je hlavním příčinou dynamické působení a odezva, ke které nemusí docházet pouze za extrémních rychlostí větru, ale naopak za poměrně běžných, a dokonce nečekaných okolností. Je to dáno také tím, že rychlost (tlak větru) je možné popsat jako kompozici střední hodnoty a fluktuačních složek, které hrají důležitou roli. Fluktuační složka větru je pro běžné rychlosti a pro většinu případů považována za náhodný stacionární a ergodický proces, který má charakteristické frekvenční spektrum. Obecně se účinky větru dělí na statické a dynamické, které pak dělíme podle druhu odezvy a převažujících frekvencí, což situaci značně komplikuje, protože mezi těmito jevy dochází ke kombinacím a ke vzniku nových jevů například v důsledku energetických přechodů a působení fluktuací, zvaných šumy. Ty mohou mít silný vliv na chování konstrukce například v oblasti větvení rovnováhy.

K laboratorní tvorbě větru a ke zkoumání proudění a zatížení staveb jsou vědci využívány aerodynamické tunely s relativně nízkými rychlostmi. Jsou určeny pro stavebnictví a jejich primárním experimentálním požadavkem je, aby byla v modelování fyzikálních jevů zachována důležitá podobnost kritérií, které zajistí spolehlivé a do reality přenositelné výsledky získané na menších modelech. Experimenty v tunelech pochopitelně slouží i k lepšímu pochopení teoreticky stále nedokonale popsaných aerodynamických jevů a náhodnosti. Společně s výpočetními procedurami z oblasti numerické dynamiky tekutin tvoří dnes ucelený vědní nástroj.

schema_aerodynamickeho_tunelu

Obr. 1. Schéma aerodynamického tunelu ÚTAM AV ČR, v. v. i.

Je zřejmé, že stavební aerodynamika není jen záležitostí větších stavebních celků. Nachází své místo v návrhu konstrukčních detailů a nosných prvků, jako jsou například mostní lana a závěsy s různým tvarem. Průřezové profily těchto stavebních prvků podstatně ovlivňují režimy obtékání. Řešitelé projektu GA ČR nasměrovali své úsilí na výzkum aerodynamiky a aeroelasticity na válce s nominálně kruhovým průřezem a s různou povrchovou drsností, která vzniká v různých klimatických nebo technologických podmínkách a která režim obtékání silně ovlivňuje v negativním i pozitivním smyslu. Příkladem je námraza na laně nebo jeho trvalý defekt vzniklý při výrobě, případně během používání. Při obtékání tělesa na povrchu (v případě necylindrických ostrých průřezu pak na hranách) vznikají poruchy ve stabilitě proudu, tvoří se tzv. smykové vrstvy pokračující do úplavu. Dochází k odtrhávání a tvorbě vírů a k prudkým změnám tlaků, které pak generují odezvu v určitém frekvenčním pásmu. Takto vytvořená odezva může za určitých okolností trvat velmi dlouhou dobu.  Frekvenční pásmo, nebo lépe řečeno jeho střední frekvence, je charakterizováno bezrozměrným Strouhalovým číslem, zatímco amplituda závisí na útlumu, vyjádřeného hodnotou čísla Scrutonova.

K zajímavému průběhu kmitání dochází, když při určité rychlosti větru dojde k rezonanci. Pokud výchylka překročí jistou hranici, interakce proudění a tělesa vede ke změně frekvence odtrhávání vírů, a ta se začne přizpůsobovat vlastní frekvenci oscilátoru. Tento jev je znám jako uzamčení a je projevem nelineárních oscilací v tzv. limitním cyklu. Kmity se odehrávají za velkých výchylek vedoucích k poškozením, jak je patrné na fotografii na obrázku 2d).

 

poskozeni_lana_od_aeroelastickeho_kmitani

Obr. 2. Příklady námraz a poškození lana od aeroelastického kmitání.

 

experiment_v_aerodynamickem_tunelu

Obr. 3.  Uspořádání experimentu v aerodynamickém tunelu.

vrstevnicove_mapy

Obr. 4. Vrstevnicové mapy pro různé režimy obtékání válce s námrazou

Vznik vírů, rychlostní pole a převažující frekvence změn tlaků je výsledkem režimu obtékání. Ten se zjišťuje nejčastěji měřením rychlostí proudu v jednotlivých bodech úplavu metodou žhaveného drátku, případně integrální metodou zvanou Laserové zobrazení rychlostního pole částic. Schéma uspořádání se znázorněním této metody je uvedeno na obrázku 3. Tři režimy proudění jsou pak vyobrazeny na vrstevnicových mapách na obrázku 4, z kterých lze určit rozměry vírů, jejich vzdálenosti a také například odporové síly, které proud na tělese vytváří. Ty jsou uváděny v hodnotách silových koeficientů jako na obrázku 5, ze kterých je patrné, že se skutečně mohou významně lišit v závislosti na povrchu. Například odpor hladkého tělesa klesá na polovinu, je-li proud více turbulentní. Jinými slovy, turbulence proudu je v dané oblasti Re jistou obdobou drsnosti povrchu. Pokud je na válci námraza, vroste intuitivně také jeho odpor, na druhé straně ale vede přítomnost námrazy k nárůstu síly příčné a někdy i ke změně silového momentu, což může zapříčinit nestabilní kmitání ve větru.

hodnoty_silovych_koeficientu

Obr. 5. Hodnoty silových koeficientů na válci s hladkým povrchem a s námrazou

Pro Strouhalovo číslo charakterizující frekvenční režim vírové cesty platí, že je námrazou rovněž silně ovlivněno. V rozsahu měřených rychlostí daných Reynoldsovým číslem St roste, je-li turbulence proudu vysoká, zatímco pro válce s námrazou je vliv turbulence na změnu frekvence vírů potlačen, jak je vidět na pravém spodním grafu.

strouhalovo_cislo

 

Obr. 6. Strouhalovo číslo charakterizující možnost vzniku kmitání hladkého válce či válce s námrazou od vznikajících vírů jako funkce rychlosti větru.

V návaznosti na stanovení statických sil a frekvencí tým profesora Pospíšila pokračoval ve studii vzniku kmitání na oscilátorech s různou technologickou drsností a s námrazou. Základem této práce byla analýza „rezonančních“ křivek a amplitud kmitání. Pozornost je nutné obrátit na skutečnost, že při zvyšování rychlosti větru dochází k oscilacím v zásadě ve čtyřech experimentálních režimech, které se vědeckému týmu podařilo identifikovat ve shodě s teoretickými analýzami nelineárního oscilátoru Van der Polova typu.

odezva_valce

Obr. 7.  Odezva válce při interakci proudění a tělesa, která vede k fyzikálnímu jevu „uzamčení“ a která je výsledkem nelineárních oscilací v tzv. limitním cyklu

 

V předkritickém režimu znázorněném na obrázku 7a) je odezva determinována náhodně se oddělujícími víry v poměrně širokém frekvenčním pásmu. Při zvýšení rychlosti v oblasti Strouhalova čísla nastává krátký úsek rezonance, kdy je frekvence oddělování vírů velmi blízká vlastní frekvenci táhla (obrázek 7b). Z tohoto stavu přechází oscilátor do tzv. kvaziperiodického režimu vznikajícího při efektu uzamčení, ve kterém dochází k záznějům a synchronizaci mezi frekvencemi výchylky a vírů, které jsou si blízké (obrázek 7c). Při dalším zvýšení rychlosti větru přechází soustava do pokritického režimu.

Projekt rovněž přispěl k problematice laboratorní tvorby námrazy v klimatickém tunelu a jeho zachycení digitální fotogrammetrickou metodou v plném měřítku zkombinovanou s numerickou analýzou obrazu založeného na trojrozměrných modelech prvků, mapujících profily námrazy podobné těm, které byly pozorovány v přírodě.

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

Hledají houby, které ani nevidí – podle jejich DNA

Lidé obvykle chodí hledat houby do lesa a berou si k tomu nůž a košík. Tomáš Větrovský z Mikrobiologického ústavu Akademie věd ČR hledá houby v laboratoři a potřebuje k tomu sekvenátor pro analýzu DNA. Výsledkem jeho práce je celosvětová databáze hub a také nové poznatky o jejich životním prostředí i o tom, že klimatické změny nepříznivě ovlivňují zejména ty houby, které jsou pro lidi užitečné. Za svůj výzkum byl v roce 2022 nominován na Cenu předsedy Grantové agentury ČR.

Houby jsem měl vždycky rád a bavilo mě je sbírat už jako malého,“ vypráví Tomáš Větrovský. „A fascinovaly mě i při studiu na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy. Mají netradiční tvary, vyvíjejí se v neobvyklých životních cyklech a způsob jejich rozmnožování je velice komplikovaný,“ popisuje. „Věnoval jsem jim už svou bakalářskou práci a zabývám se jimi dodnes.

Doktor Větrovský samozřejmě nemyslí jenom houby, které lidé sbírají v lese, tedy ty s nožičkou a kloboukem. Do této široké kategorie totiž patří také třeba mikroskopické organismy, jako například jednobuněčné kvasinky. Naopak se mezi houby neřadí pórovité mořské houby, které patří mezi živočichy.

Databáze pro celý svět

Houby hledá doktor Větrovský se svými kolegy laboratorním rozborem DNA ze vzorků zeminy odebrané na vybraných místech v terénu. Ve veškeré DNA nalezené v půdě zjišťují výzkumníci genetické sekvence (markery) typické právě pro houby. Díky tomu určí, které z hub se na daném místě vyskytují, aniž by je vůbec museli vidět.

Výzkumníci pracovali se vzorky půdy, které zčásti nasbírali sami, většinu údajů však tvoří již publikovaná data od jiných autorů. Těmto datům umožnili něco jako druhý život, protože po publikování článků jsou sekvenační data archivována v úložištích bez možnosti dalšího přímého využití.

Získané údaje porovnali s referenčními databázemi, aby lépe určili, co našli. Souřadnice míst sběru vzorků zaznamenávali díky satelitní navigaci GPS. Takto vznikla mezinárodní databáze společenstev hub, kterou výzkumníci představili vědecké komunitě v odborném periodiku Scientific Data. Nové údaje se do ní stále přidávají, používají ji odborníci z celého světa a je veřejně přístupná na internetu.

Houbařům databáze však při sběru hub nepomůže, neboť zaznamenává pouze místa, kde se určité houby vyskytují, nikoliv kde zrovna rostou. Zato pro vědce představuje cenného pomocníka jako zdroj informací pro další výzkumy.

Databáze zachycuje stav na všech kontinentech kromě Antarktidy, i když třeba Evropa je z praktických důvodů zastoupena více než Afrika, kam výzkumníci zavítají méně často. Data o výskytu hub jsou z dalších zdrojů doplněna údaji o obvyklých dešťových srážkách a teplotách na daném místě, poznatky o kyselosti či zásaditosti tamní půdy, o obsahu fosforu, vápníku, draslíku a dalších živin, i o tom, s jakými jinými rostlinami tam houby souběžně žijí.

Ekonomicky prospěšným houbám změny klimatu nesvědčí

Z databáze například vidíme, jak jsou houby v oblastech svého výskytu provázány s určitým profilem teplot a srážek,“ popisuje řešitel projektu doktor Větrovský. „Z toho se dá poznat, jestli případná změna klimatických podmínek ovlivní její růst, případně jej úplně znemožní.“

Některé houby, kupříkladu sněti nebo rzi, se označují jako patogenní, protože ničí jiné rostliny. Další houby však naopak žijí se svým okolím v symbióze. Podhoubí takových hub je propojeno s kořenovými systémy stromů, které jim předávají cukry, a houby jim na oplátku dodávají různé anorganické látky, například fosfor nebo dusík.

Data doktora Větrovského bohužel naznačují, že patogenní houby jsou odolnější, dokážou obsadit místa s mnohem širším záběrem vlhkostních a teplotních profilů. Zato symbiotické houby, které jsou ekonomicky přínosnější po lidskou společnost, jsou na změny teploty a vlhkosti mnohem citlivější, a klimatické změny je proto mohou ohrozit.

vetrovsky_ekvadorVýzkum v Ekvádoru, doktor Větrovský první zleva (Mikrobiologický ústav Akademie věd ČR a Česká zemědělská univerzita v Praze)

Přes šest milionů druhů – většinou neznámých

Odborná literatura popisuje asi 50 000 druhů hub, které lze na Zemi nalézt. Další druhy, zejména ty miniaturní, ještě nikdo nepopsal, ale genetické stopy v půdě zanechávají. „Z našich rozborů odhadujeme, že na Zemi může být asi 6,28 milionu druhů hub,“ říká Tomáš Větrovský.

Překvapivé je jejich rozložení. V biologii obecně platí poznatek, že nejvíce rostlinných i živočišných druhů žije v tropech a čím dále od rovníku, tím více se biodiverzita (druhová rozmanitost) snižuje. Kupodivu, u hub se to nepotvrzuje.

Z našich dat spíše vidíme větší diverzitu hub ve vyšších zeměpisných šířkách, tedy dále od rovníku,“ konstatuje doktor Větrovský. „Tento fenomén stojí za další prozkoumání. Jedno vysvětlení je, že tropické oblasti ještě nejsou dobře prozkoumány, ale to výskyt našich genetických markerů nepotvrzuje. Jiným vysvětlením může být to, že v mírném zeměpisném pásmu jsou houby primárními zpracovateli odumřelé rostlinné hmoty. Kdežto v tropech jsou i další, konkurenční organismy, třeba termiti, takže houby nedostaly tolik příležitostí k rozvoji,“ zamýšlí se.

Své poznatky Tomáš Větrovský spolu s kolegy publikoval v řadě uznávaných vědeckých periodicích včetně Nature Communications.

tomas_vetrovsky

Mgr. Tomáš Větrovský, Ph.D., pracuje v Mikrobiologickém ústavu Akademie věd ČR v Praze a je předním expertem v oblasti bioinformatiky. Vystudoval Přírodovědeckou fakultu Univerzity Karlovy v Praze. Pracuje pomocí metod masivního paralelního sekvenování DNA a zaměřuje se na ekologii mikroorganismů a jejich interakci s rostlinami a živočichy. Od roku 2017 stojí v čele projektu, jehož výsledkem byla největší globální analýza výskytu hub a analýza klimatických faktorů, které ji ovlivňují. Dvakrát pobýval na stáži na Iowské státní univerzitě v USA. Je autorem nebo spoluautorem 60 publikací v impaktovaných časopisech, z toho čtyřikrát byly jím publikované články označeny za 1 % nejlepších článků z daného oboru za posledních deset let. V roce 2019 získal prestižní Prémii Otto Wichterleho udělovanou Akademií věd ČR.

Název projektu nominovaného na Cenu předsedy Grantové agentury ČR: Společenstva hub v prostředí: využití nových molekulárních markerů a metaanalýz pro výzkum ekologie a biogeografie hub

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Náhled do tajemství dat

Výsledkem výzkumů – ať už medicínských, technických či třeba meteorologických – bývá ohromné množství vzájemně propojených dat. Poznat, co významného z nich vyplývá, může být docela dobrodružství, dokazuje Stanislav Nagy z Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy v Praze. Za nové poznání statistických metod byl v loňském roce nominován na Cenu předsedy Grantové agentury ČR.

 

Když Stanislav Nagy vysvětluje podstatu své práce laikům, začíná jednoduchým příkladem. Chceme zjistit, jaká je obvyklá výška dětí v určitém věku.

Základní postup je, že změřím výšku dejme tomu dvaceti stejně starých dětí, z naměřených hodnot vypočítám průměr a mám představu, jak jsou tyto děti obvykle vysoké,“ říká doktor Nagy. „Jenomže co když jsem udělal při jednom měření chybu a zapsal jsem místo 140 centimetrů 1400 centimetrů? Pak mi z počítače vyskočí průměr nesmyslně vysoký a pozorování znehodnotí.“

Statistikové proto používají veličinu zvanou medián. Získané hodnoty seřadí od nejnižší po nejvyšší a mediánem je pak číslo, které leží uprostřed. Neboli před mediánem i za ním je stejné množství pozorování. Medián v tomto případě bude zřejmě kolem 140 cm a „ulétnutý“ záznam výsledek neovlivní.

 

Mnoharozměrný datový prostor

To je jednoduché. Ale co když jedno pozorování zahrnuje dva údaje? „Dejme tomu u lékaře máme děti stejného věku a u každého změříme výšku a hmotnost,“ říká doktor Nagy. „Získáme ke každému pozorování dvě hodnoty, můžeme je zanést do dvourozměrného grafu a tady už je větší problém najít medián, tedy bod, kolem něhož jsou pozorování rozptýlená, abychom měli představu, jaká kombinace výšky a hmotnosti je v této věkové skupině obvyklá.“

Když se přidají další měření (třeba ještě krevní tlak, srdeční tep, hladina cukru v krvi…), získají pozorovatelé hodnoty, které se dají zanést jako body zobrazitelné v mnoharozměrných prostorech. Ty si sice dokáže představit málokdo, ale matematika s nimi běžně pracuje.

Až na „drobnost“. Neumí v nich dobře najít právě medián. A to je docela problém. V našem hypotetickém případě jej potřebujeme proto, abychom úplně jednoduše určili, že dítě, jehož naměřené hodnoty se nacházejí poblíž mediánu, prochází zřejmě obvyklým vývojem. Zato dítě, jehož hodnoty se zobrazí daleko od mediánu, může mít poruchu vývoje nebo nějakou chorobu, a je proto nutné věnovat mu lékařskou pozornost.

 

Nečekané souvislosti

Velké vědecké experimenty přinášejí obrovské množství údajů, při jejichž analýze by se medián hodil. Proto matematičtí statistikové navrhli řadu postupů, jak medián v mnoharozměrné sadě dat určit.

Pro potřeby tohoto textu stačí napsat, že statistika při stanovení blízkosti k mediánu používá od roku 1975 termín „hloubka“. Je to funkce, která určuje, jestli má naměřený bod k mediánu blízko, nebo je vzdálený. Bohužel se však postupy určení hloubky od sebe liší, a tak statistici docházejí k různým výsledkům.

Existuje však i jiný obor matematiky, zvaný konvexní geometrie. „Někdy před šesti lety jsem si všiml, že v tomto oboru existuje obdobný problém, jako je ve statistice hledání mediánu a příslušné hloubky. Ale geometrie jej řeší už od roku 1822,“ popisuje doktor Nagy. V tomto případě se studovaný problém nazývá „popis plovoucího tělesa“ a týká se vlastností objektu volně plovoucího v kapalině.

To, čemu statistici říkají „hloubka“, se v konvexní geometrii nazývá „plovoucí těleso“, je jinak definováno, má úplně jiné použití, ale doktor Nagy si všiml, že obě pojetí se sobě velice podobají. Spolu s kolegy se tedy v rámci projektu financovaného Grantovou agenturou ČR pustil do propojování poznatků z obou matematických oborů. To, že si všiml jejich podobnosti, se ukázalo jako výborný tah.

Mohli jsme použít poznatky osvědčené v konvexní geometrii k tomu, abychom vyřešili některé těžké problémy ze statistiky,“ raduje se Stanislav Nagy. „Vyvrátili jsme při tom spoustu chybných závěrů z minulosti.“ Nové výsledky zaznamenali v šestnácti odborných publikacích.

 

Happyend jen částečný

Čekal je však ještě největší úkol. Zjistit, jestli se postup používaný v konvexní geometrii při popisu plovoucího tělesa dá využít při řešení úkolů v matematické statistice úplně pokaždé.

Pokud by se ukázalo, že postupy jsou zcela rovnocenné, bylo by to vynikající. Mohli bychom neomezeně propojit obě disciplíny a přineslo by to užitek matematikům i spoustě odborníků z jiných věd,“ vysvětluje doktor Nagy, proč byl jeho další výzkum tak důležitý.

Ověřování věnoval několik let. Výsledek přinesl určité zklamání. „Obě funkce jsou zcela stejné jen za určitých podmínek. V těch jsme oba matematické obory určitě posunuli dál a z toho mám opravdu radost,“ konstatuje a hned dodává: „Ale pořád je tam co objevovat. Matematika má hodně záhad, tahle je mezi nimi, ale my ji jednou vysvětlíme.“

stanislav_nagy

Mgr. Stanislav Nagy, Ph.D., pracuje na katedře pravděpodobnosti a matematické statistiky Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy v Praze. Na téže vzdělávací instituci vystudoval matematiku, doktorát získal v roce 2016 na Katolické univerzitě v Leuvenu v Belgii v oboru matematika a tentýž rok na Univerzitě Karlově v oboru pravděpodobnost a matematická statistika. Je autorem a spoluautorem více než třiceti odborných článků. Ve svém výzkumu kombinuje přístupy ze statistiky a pravděpodobnosti s příbuznými metodami geometrie, analýzy nebo strojového učení. V dubnu 2022 se stal laureátem ceny České matematické společnosti.

Název projektu nominovaného na Cenu předsedy Grantové agentury ČR: Geometrické aspekty matematické statistiky

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Drsná škola pro bílé krvinky

Významnou součástí imunitního systému je druh bílých krvinek zvaných T-lymfocyty. Pomáhají v organizmu k vytvoření obranné reakce a k ničení cizorodých či nemocných buněk. A „učí“ se to v brzlíku. Tento proces zkoumá Dominik Filipp z Ústavu molekulární genetiky Akademie věd ČR, jehož projekt byl v loňském roce nominován na Cenu předsedy Grantové agentury ČR.

T-lymfocyty mají zvláštní schopnost likvidovat pozměněné buňky vlastního těla, například buňky nádorové nebo napadené viry. Pomáhají také jiným buňkám imunitního systému při obraně našeho těla před patogeny, čímž zastavují a léčí případná onemocnění. Zajímavostí je, že to neumějí od svého vzniku, ale postupně se to „učí“.

Tyto krvinky vznikají v kostní dřeni a odtud putují do brzlíku, kde dozrávají. Od prvního písmena latinského názvu tohoto orgánu, thymus, byl také odvozen jejich název T-lymfocyty. Brzlík je malý orgán mezi hrudní kostí a plícemi. Největší je v dětství; u desetiletého dítěte váží asi 50 gramů. Pak se zmenšuje, až nakonec prakticky splyne s tukovou tkání. V tu dobu už také není tolik potřebný. T-lymfocyty, jež se přímo podílely na odstranění nějakého patogenu, se totiž poté proměnily v tzv. paměťové buňky, které jsou pro případ potřeby skladovány i po léta v různých částech imunitního systému po těle.

 

Tajemný brzlík

V devadesátých letech jsem byl na stáži v imunologické laboratoři v kanadském Torontu,“ vzpomíná Dominik Filipp. „Tehdy jsem se zabýval hlavně genetikou. Všimli jsme si tam, že v brzlíku se zapínají do činnosti některé geny, které jinak pracují jen ve střevě a udržují pod kontrolou střevní bakterie. To ale tehdy nedávalo žádný smysl – proč by v brzlíku měly pracovat stejné geny jako ve střevě? Vždyť v brzlíku nebyly k ničemu zapotřebí! Zaujalo mě to. Brzlík mi dodnes připadá jako tajemný orgán, láká mě, takže se od té doby dění v něm věnuji.“

Výzkumy ve světě pokračovaly a ukázalo se, že brzlík není jenom místem, kde dozrávají obranářské T-lymfocyty. Ony tam také, s velkou nadsázkou řečeno, „chodí do školy“ a „učí se“, proti čemu mají bojovat. A doktoru Filippovi se podařilo v rámci grantu od Grantové agentury ČR popsat jeden z principů, jak toto „učení“ probíhá. Poznatky publikovala uznávaná vědecká periodika eLife a Nature Communications.

Zjednodušme složité procesy na prosté vysvětlení. Krvinka T-lymfocyt ničí nechtěné buňky v organizmu poté, co se k nim připojí na specifické místo skrze své povrchové čidlo, kterému říkáme receptor. Na konci receptoru je totiž prohlubeň, do níž musí specifická molekula z části patogenu přesně zapadnout. Receptory na různých T-lymfocytech jsou odlišné, a podobně i molekuly na patogenech. Každá tato bílá krvinka se proto připojí k jinému patogenu.

brzlíkMikroskopický obrázek „školícího střediska“ v brzlíku. Školící epitelová buňka (zelená a červená po okrajích, modrá ve středu) je obklopená třemi vyvíjejícími se T-lymfocyty (pouze modré buňky). [Ústav molekulární genetiky Akademie věd ČR]

Problémem je, že receptory na T-lymfocytech jsou tak různorodé, že mohou rozpoznat a připojit se na molekuly vlastního těla, a tak zničit své vlastní buňky, které tyto molekuly produkují. Tento nechtěný proces se nazývá autoimunita, a ta je často spojována s těžkými zdravotními potížemi.

Tomu by měl zabránit právě brzlík. Do něj z kostní dřeně putují nehotové T-lymfocyty, které svůj receptor vytvoří a otestují právě v brzlíku. V brzlíku se pro ně vytvářejí kopie téměř všech molekul vlastního těla, tedy bílkovin, které jsou produkovány i velice specializovanými buňkami a orgány, například v oku, mozku, pokožce nebo i výše zmíněném střevě. V brzlíku pomáhají trénovat T-lymfocyty.

Pokud T-lymfocyt v brzlíku rozezná skrze svůj receptor bílkovinu vlastního těla, je ihned zničen a eliminován, protože imunitní systém takový T-lymfocyt nepotřebuje. Teprve ten T-lymfocyt, který na nic vlastního nezaútočí, je z brzlíku vypuštěn do běžného krevního oběhu, protože tam bude vyhledávat částice cizorodé, kterých se tělo potřebuje zbavit. Doktor Filipp s kolegy popsali, jak konkrétně mechanismus vytváření „školicích“ bílkovin a jejich prezentace T-lymfocytům skrze několik různých typů „školicích“ buněk v brzlíku funguje.

Mimochodem, to přirovnání brzlíku ke škole je sice odpovídající, ale do takové školy bychom opravdu chodit nechtěli. On totiž brzlík taky připomíná jatka. Asi 95 procent T-lymfocytů, které se do něj dostanou, nesplní požadavky a je okamžitě zničeno,“ popisuje doktor Filipp.

 

Vliv na autoimunitní onemocnění

Ani v lidském organismu nic nefunguje stoprocentně. Takže i z brzlíku se někdy do těla dostávají T-lymfocyty, které nefungují správně a napadají buňky vlastního těla. V důsledku toho vznikají záněty střev nebo se rozvíjí cukrovka 1. typu, protože „zmatené“ T-lymfocyty zničí buňky produkující inzulin ve slinivce břišní, a mohou se objevit i mnohá další autoimunitní onemocnění. Jejich vznik bývá často důsledkem nějakého zánětu, který přispěje ke špatné aktivitě T-lymfocytů.

Dominik Filipp a jeho kolegové využívají myši, u nichž vyřazují z funkce různé geny, aby poznali, jaký vliv to má na jejich brzlík. Přispívají tak k poznání, jak nemoci vznikají. A přibližují vědu k době, kdy proti autoimunitním onemocněním dokážeme najít vhodné léky.

Děláme základní výzkum a jsme teprve na začátku. Ale dokážu si teoreticky představit, že jednou půjde využít naše poznatky o brzlíku k léčení lidí,“ zamýšlí se doktor Filipp. „Jednou z možností by mohlo být dopravit – nějakou injekcí, anebo dokonce jen spolknutou tabletou – do brzlíku látky, které v něm zabezpečí fungování těch mechanismů, které kontrolují eliminaci nesprávně fungujících T-lymfocytů, jež tělu škodí. Doufám, že se něco takového i díky našim poznatkům podaří.“

 

dominik_filipp

RNDr. Dominik Filipp, CSc., pracuje v Laboratoři imunobiologie v Ústavu molekulární genetiky Akademie věd ČR v Praze a zabývá se molekulárními a buněčnými mechanismy imunitních reakcí. Přednáší na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy. Vystudoval Přírodovědeckou fakultu Univerzity Komenského v Bratislavě. Několik let pracoval v Marseille a v Torontu.

Název projektu nominovaného na Cenu předsedy Grantové agentury ČR: Úloha signalizace receptorů rodiny Toll v mechanizmech centrální tolerance

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY