Zajímavé poznatky ze života „skákajících genů“

Dědičná informace uložená v DNA (genom) není u většiny organizmů tvořena pouze geny. Většinu genomu tvoří záhadná „temná hmota“ představovaná opakujícími se úseky DNA neboli repeticemi. Hlavními repeticemi jsou tzv. transpozony (často označované jako skákající geny) a tandemově uspořádané repetice neboli satelity. Repetice nejsou v genomu uspořádány rovnoměrně, ale často se shlukují v oblasti centromer nebo na koncích chromozomů. Bylo otázkou, zda toto hromadění repetic v určitých oblastech genomu je důsledek jejich náhodného včleňování a následného zachování procesem selekce, anebo jsou naopak repetice pouze do určitých míst chromozomů cíleně včleňovány, například do centromer.

V rámci projektu, podpořeného Grantovou agenturou ČR (GA ČR), tým docenta Kejnovského ukázal, že transpozony nejsou včleňovány do genomu náhodně, ale jsou přednostně včleňovány do jiných transpozonů (tzv. „nesting“), a to dokonce do sobě podobných transpozonů. Tato místa přednostního včleňování dokázali v rámci výzkumu nalézt. Příkladem takového místa jsou palindromatické sekvence DNA, místa, která se čtou v obou směrech stejně¹ (příkladem palindromu je například věta „jelenovi pivo nelej“ nebo „kobyla má malý bok“). Přednostní včleňování do již existujících transpozonů dává z evolučního hlediska smysl, neboť právě v těchto místech transpozony genomu nejméně škodí.

V rámci projektu řešitel a jeho tým vytvořili program „TE Greedy Nester“ určený pro hledání LTR retrotranspozonů, tedy transpozonů, které se šíří v genomech duplikativně prostřednictvím molekul RNA.² Jejich program si, na rozdíl od konkurenčních programů, poradí i s obřími genomy zamořenými transpozony, jako je genom kukuřice, tvořený až z 80 % transpozony.

U transpozonů je důležité také správné určení jejich evolučního stáří. Vědecký tým zjistil, že klasická metoda určování věku LTR retrotranspozonů založená na divergenci dlouhých koncových repetic (LTR, jsou při včlenění shodné) není přesná v důsledku genové konverze. Proto navrhl vylepšenou metodu určování stáří těchto transpozonů, která proces genové konverze zohledňuje.³

Řešitelský tým dokázal také zjistit, že transpozony velmi často obsahují motivy, které ochotně tvoří čtyřvláknovou DNA, pro jejíž hledání vytvořili nový software.⁴ DNA se totiž vyskytuje nejen v ikonické podobě známé dvoušroubovice, ale také jako struktura třívláknová (triplex), nebo dokonce čtyřvláknová (kvadruplex). Bylo prokázáno, že kvadruplex má regulační roli a funguje jako přepínač různých molekulárních procesů v buňce. Ve spolupráci se skupinou prof. Kateryny Makove z PennState University v USA vědci zjistili, že kvadruplexové motivy zpomalují, nebo dokonce zastavují prodlužování DNA při sekvenování DNA moderní metodou PacBio.⁵ Navíc odhalili, že v místech kvadruplexových motivů se nachází nejvíce mutací DNA, jak ve zdravých, tak zejména v nádorových buňkách. Rovněž zjistili, že kvadruplexy inhibují skákání Ty1 elementů u kvasinky.⁶

Transpozony patří mezi nejdynamičtější složky genomu. Při řešení projektu se tedy řešitelé zamýšleli nad otázkou, proč jsou některé složky evolučně dynamičtější než jiné. Odpovědí je jejich publikace⁷ prezentující hypotézu, že příčinou vyšší evoluční dynamiky některých genomových elementů je jejich větší náchylnost k migraci či pohybu po buňce i mezi buňkami. Největší mobilitu vykazují právě transpozony, tandemové repetice a promiskuitní DNA (tj. DNA migrující mezi buněčnými organelami chloroplasty/mitochondriemi a jádrem).

Všechny uvedené a během výzkumu zkoumané složky genomu jsou pak významnými hráči fungování genomu a buňky. Poskytují genomům variabilitu, která je předpokladem evoluce a adaptace a kterou člověk také odpradávna využívá při šlechtění kulturních plodin.

kejnovsky_genomPohyb evolučně nejdynamičtějších složek genomu po buňce. EccDNA – extrachromozomální cirkulární DNA, TE RNA – přepis transpozonu. DNA je modře, RNA je červeně (autor obrázku Pavel Jedlička).

Výstupem projektu je také několik odborných článků:

¹ Jedlička et al 2019, Mobile DNA

² Lexa et al 2020, Bioinformatics

³ Jedlička et al 2020, Front Plant Sci

⁴ Labudová et al 2020, Bioinformatics

⁵ Guiblet et al 2018, Genome Research

⁶ Tokan et al 2018, BMC Genomics; Tokan et al 2021, Biology

⁷ Kejnovsky and Jedlička 2022, BioEssays

 

Autor článku: doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.

Nové česko-německé výzkumné projekty

Grantová agentura České republiky (GA ČR) a německá Deutsche Forschunggemeinschaft (DFG) budou financovat tři nové výzkumné projekty v rámci iniciativy WEAVE. Projekty jsou tříleté a výzkumníci z obou zemí je začnou řešit ještě v letošním roce. Pro hodnocení projektů byl použit princip Lead Agency, kdy návrhy projektů hodnotí pouze jedna z agentur a druhá hodnocení přejímá. V tomto případě vystupovala GA ČR jako Lead Agency. Náklady na výzkum hradí vždy ta agentura, z jejíž země řešitelé pocházejí.

První projekt se zaměří na diagnostiku plazmatu ve vesmíru (Měsíc, Mars), a to kombinovaným využitím experimentálních a teoretických technik. Čeští řešitelé z CEITEC – Středoevropského technologického institutu a Ústavu fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR společně s německými vědci z Bundesanstalt für Materialforschung und – prüfung (BAM) získají díky projektu řadu dat s budoucím aplikačním potenciálem pro kosmické mise.

 

Registrační číslo Navrhovatel Název Uchazeč
23-05186K doc. Ing. Pavel Pořízka Ph.D. Výzkum laserem buzeného plazmatu v simulovaných podmínkách vybraných vesmírných těles Vysoké učení technické v Brně, Středoevropský technologický institut

 

Druhý z podpořených projektů se bude věnovat studiu starší doby železné, kdy docházelo k rozmachu obchodu. Projekt se zaměří na oblast halštatské kultury a její kontakt s řecko-etruským světem a Středomořím. Hlavní zkoumanou otázkou je, jak v této době fungoval směnný systém a co v tomto systému sloužilo jako protihodnota za dovážené zboží. Čeští vědci z Archeologického ústavu AV ČR a Filozofické fakulty Univerzity Palackého v Olomouci se společně se svými německými kolegy z Friedrich-Alexander-Universität-Erlangen-Nürnberg domnívají, že významnou roli by mohl hrát jantar.

 

Registrační číslo Navrhovatel Název Uchazeč
23-07284K PhDr. Miloslav Chytráček Ph.D. Jantarové stezky starší doby železné ve střední Evropě Archeologický ústav AV ČR, Praha, v.v.i.

 

Poslední z nově podpořených projektů si klade za cíl zjistit, jak se někteří obratlovci mohou nepohlavně rozmnožovat. Projekt by měl objasnit vazbu mezi typem pohlavní determinace a evolucí „asexuality“. Tento pohled by měl poskytnout vhled do problematiky, jak pohlavnost přetrvává a proč je důležitá pro většinu eukaryot. Projekt českých vědců z Ústavu živočišné fyziologie a genetiky AV ČR a Biotechnologického ústavu AV ČR a jejich německých kolegů z Leibniz Institute of freshwater Ecology and Inland Fisheries (IGB) se s ohledem na stanovené téma zaměří na čtyři druhy kříženců anuranu (žáby) a ryby a porovná rozdíly v jejich rozmnožování ve srovnání s pohlavním rozmnožováním.

 

Registrační číslo Navrhovatel Název Uchazeč
23-07028K Ph.D. Dmytro Didukh Porušení pravidel: modifikované způsoby sexuální reprodukce u obratlovců Ústav živočišné fyziologie a genetiky AV ČR, v.v.i.

 

Oznámení o výsledcích společné výzvy k podávání česko-německých projektů hodnocených na principu LA v základním výzkumu (PDF)

 

Iniciativa WEAVE, díky níž tento a další mezinárodní projekty mohou být podpořeny, vznikla před třemi lety a do roku 2025 propojí celkem 12 evropských agentur podporujících základní výzkum.

Belgická a ukrajinská agentura hledají zahraniční experty do panelů

Belgická agentura Research Foundation Flanders (FWO) a ukrajinská National Research Foundation of Ukraine (NRFU) hledají zahraniční hodnotitele do svých panelů, a to napříč všemi obory základního výzkumu.

Pro belgickou FWO je stanoven termín pro přihlášení 1. května 2023, veškeré potřebné informace lze nalézt přímo na stránkách FWO.

Pro ukrajinskou NRFU je výzva otevřená kontinuálně, veškeré informace najdete na stránkách NRFU.

V případě dotazů prosím kontaktujte přímo příslušnou zahraniční agenturu (FWO na vacancies@fwo.be, NRFU na nrfu@nrfu.org.ua).

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Výběrové řízení: Referent sekce grantové podpory

Výběrové řízení bylo ukončeno

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Česko-švýcarský tým bude zkoumat skepticismus k novým technologiím

Nový mezinárodní projekt se začne řešit ještě v letošním roce, a to díky spolupráci mezi Grantovou agenturou ČR (GA ČR) a švýcarskou Swiss National Science Foundation (SNSF).

Nedůvěra v nové technologie nás provází snad již od počátků věků — ať už šlo o parní stroj, či v poslední době často skloňovanou umělou inteligenci. O příčinách skepse a obav z nových technologií toho však víme jen velmi málo. Zaplnit tuto znalostní mezeru si dal za úkol nově podpořený projekt doktora Christiana Ochsnera z Národohospodářského ústavu AV ČR a jeho švýcarského protějšku. Jedná se o tříletý projekt, který bude zkoumat příčiny a důsledky skepticismu k novým technologiím, konkrétně bude výzkum situován na území švýcarského Grisonska v letech 1900–1940.

Projekt financovaný GA ČR a SNSF – GA ČR partnerská

Reg. č. Navrhovatel Instituce Název projektu
23-09092L Christian Ochsner, Ph.D. Národohospodářský ústav AV ČR, v.v.i. Moderní doba bez nás! Determinanty a důsledky technologického skepticismu; Grisonsko 1900-1940

Oznámení o výsledcích společné výzvy k podávání švýcarsko-českých projektů hodnocených na principu LA v základním výzkumu (pdf)

Spolupráce se švýcarskou stranou probíhá díky iniciativě WEAVE, jejímž je GA ČR zakládajícím členem a která má za cíl propojit do roku 2025 celkem 12 evropských agentur a umožňovat spolupráci vědeckých týmů až ze tří zemí.

Návrh projektu byl hodnocen na principu Lead Agency, kdy návrh hodnotí pouze jedna z agentur a druhá od ní hodnocení přebírá. GA ČR v tomto případě vystupovala jako partnerská agentura a hodnocení převzala od švýcarských kolegů.

Každá z agentur hradí tu část nákladů, která připadá na vědce z jejího území.

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Po stopách vírů

Obr. 1 Motivací projektu bylo hledání vírů v proudící kapalině či vzduchu (obrázek je ilustrační a neobsahuje data z projektu).

Detekce vírů, zřídel a dalších singularit v proudící kapalině či plynu je v centru pozornosti inženýrů i matematiků po dlouhá desetiletí. Jejich výskyt může ukazovat na špatné aerodynamické vlastnosti obtékaného objektu nebo na překážky bránící hladkému transportu kapaliny. Prof. Jan Flusser z Ústavu teorie informace a automatizace AV ČR se svým týmem v rámci projektu podpořeném Grantovou agenturou České republiky vyvinul originální metodu detekce těchto jevů.

Proudění kapaliny či vzduchu v nějakém prostředí, obtékání kolem daných objektů, se tradičně studuje pomocí matematického modelu daného tzv. Navier-Stokesovými diferenciálními rovnicemi. Na vstupu modelu definujeme okrajové podmínky (to znamená třeba tvar obtékaného objektu), na výstupu pak dostáváme řešení popisující vektor rychlosti v každém bodě. V něm lze singularity detekovat metodami matematické analýzy. Tento přístup má dva základní nedostatky. Jednak je velmi výpočetně i teoreticky náročný (ne nadarmo je otázka obecné řešitelnosti Navier-Stokesových rovnic jedním ze slavných „Millennium Problems“) a jednak ho nelze použít na reálná data, kde např. studujeme objekt v aerodynamickém tunelu a vektory rychlosti proudění měříme na diskrétní síti bodů přímo.

Problém mi jako nevyřešený prvně ukázali někdy v roce 2016 kolegové z univerzity z Lipska, kteří pracovali na projektu pro jednu německou automobilku, a přestože šlo o oblast, kterou jsem se nikdy předtím nezabýval, zaujalo mne to. Napadlo mne zcela vynechat jakýkoliv model proudění, vyhnout se Navier-Stokesovým rovnicím a zapojit naopak metody umělé inteligence pro analýzu dat, s kterými máme bohaté zkušenosti,“ vzpomíná profesor Flusser.

Hlavní myšlenka

Zjednodušeně si můžeme ideu prof. Flussera představit takto: máme databázi struktur, které chceme v proudění hledat. Ta bývá manuálně vybrána z nějakých vzorových dat a nemusí být tvořena jen víry, metoda funguje pro jakékoliv regulární i singulární struktury. Na této databázi se metoda „naučí“, jak vypadá to, co hledáme, a následně pak prozkoumává data z aktuálního proudění (viz Obr. 2).

Flusser_metodaObr. 2. Znázornění hlavní myšlenky metody. Vzorový objekt z trénovací databáze (nahoře) je srovnáván se všemi lokalitami zkoumaného vektorového pole (dole). Srovnávání probíhá pomocí originálně navrženého matematického popisu. Dosažení vysoké podobnosti se považuje za nalezení výskytu struktury (převzato z hlavní publikace projektu – viz níže).

 

To vypadá jednoduše, hlavní výzvou ovšem je, jakými charakteristikami data reprezentovat. Trénovací databáze je vždy omezená, nelze očekávat, že v ní budou všechny možné víry. Teprve když se povede najít charakteristiky, které nebudou záviset na konkrétní velikosti a tvaru víru, bude metoda fungovat efektivně. A právě nalezení takových charakteristik pro popis struktur ve vektorových polích bylo hlavním cílem projektu.

 

Výsledky

Na Obr. 3 a 4 vidíme ukázky detekce vírů v proudění kolem překážky a na satelitním snímku, mapujícím globální světový vítr.

Obr. 3. Detekce vírů v tzv. Kármánově vírové stezce, která vzniká při proudění kolem oblých těles, jako jsou křídla, karoserie nebo komíny (převzato z hlavní publikace projektu – viz níže).

flusser_detekce_viru_NOAAObr. 4. Detekce vírů na snímku globálního větru z meteorologické družice NOAA (převzato z hlavní publikace projektu – viz níže).

Jsem velmi rád, že GA ČR tento projekt podpořila. Vzhledem k tomu, že proudění kapalin až dosud leželo mimo oblast našeho hlavního zájmu, je pravděpodobné, že bez grantových financí bychom se tímto výzkumem nezabývali,“ ohlíží se za úspěšným projektem prof. Flusser. „Navíc zde vidíme potenciál pro zobecnění na tenzorová data, která se vyskytují v nových zobrazovacích metodách v medicíně.“

 

Hlavní publikace z projektu

Kostkova J., Suk T., Flusser J.: „Affine Invariants of Vector Fields“, IEEE Trans. Pattern Anal. Mach. Intell.,  vol. 43, No. 4, pp. 1140-1155, 2021

flusser_jan

Prof. Ing. Jan Flusser, DrSc.

vystudoval Fakultu jadernou a fyzikálně inženýrskou ČVUT v Praze, obor matematické inženýrství (1985). V roce 1990 získal vědeckou hodnost CSc. v oboru výpočetní technika a v roce 2001 vědeckou hodnost DrSc. v oboru technická kybernetika. Profesorem v oboru Aplikovaná matematika na ČVUT byl jmenován v r. 2004. Od roku 1985 pracuje v Ústavu teorie informace a automatizace AV ČR (ÚTIA). Byl vedoucím oddělení Zpracování obrazové informace (1995–2007), ředitelem ÚTIA (2007–2017) a od r. 2017 je zástupcem ředitele pro výzkum. Pedagogicky působí na FJFI ČVUT a na MFF UK.

Prof. Flusser se zabývá digitálním zpracováním obrazu, rozpoznáváním objektů a relevantními oblastmi umělé inteligence a matematiky. Je autorem či spoluautorem více než 200 původních vědeckých prací, mezi něž patří i známé monografie Moments and Moment Invariants in Pattern Recognition (Wiley, 2009; překlad do čínštiny 2014) a 2D and 3D Image Analysis by Moments (Wiley, 2016). Náleží k nejvíce citovaným českým matematikům. Je držitelem řady českých i zahraničních vědeckých ocenění, mimo jiné Ceny předsedy GA ČR (2007), Ceny AV ČR (2007), Elsevier Scopus Award (2010), Felberovy medaile (2015) a Akademické Prémie (2017).

Foto: Adela Leinweberova 

 

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY