Nové česko-švýcarské a česko-slovinské projekty

Šest nových tříletých projektů se začne řešit od dubna díky spolupráci GA ČR s švýcarskou agenturou Swiss National Science Foundation (SNSF) a slovinskou agenturou Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS). U česko-slovinských projektů mají řešitelé možnost posunout počátek řešení až na červenec. Hodnocení návrhů projektů probíhalo formou Lead Agency, kdy pouze jedna z agentur návrhy hodnotí a druhá od ní hodnocení přebírá. GA ČR u všech projektů vystupovala jako hodnoticí agentura. Každá z agentur financuje tu část nákladů, která připadá na vědce z její země.

Česko-švýcarské projekty (GA ČR – SNSF)

Registrační číslo Navrhovatel Název Uchazeč
23-04741K doc. Ing. Ondřej Vopička Ph.D. Vlastnosti kapalin vystavených stlačenému methanu, ethanu a vodíku Vysoká škola chemicko-technologická v Praze, Fakulta chemicko-inženýrská
23-06461K Ivan Mizera Málopočetná řešení nedourčených systémů: retroaktivní aplikace, algoritmy, inference, a nové perspektivy Univerzita Karlova, Matematicko-fyzikální fakulta
23-06859K RNDr. Michal Jeníček Ph.D. Tání sněhu v horských oblastech a jeho důležitost pro zásoby vody a odtok (MountSnow) Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta

Oznámení o výsledcích společné výzvy k podávání česko-švýcarských projektů hodnocených na principu LA v základním výzkum (pdf)

 

Česko-slovinské projekty (GA ČR – ARRS)

Registrační číslo Navrhovatel Název Uchazeč
23-06961K Ing. Kamila Cábová Ph.D. Únosnost a tažnost šroubovaných smykem namáhaných spojů pomocí styčníkových plechů z normálních a vysokopevnostních ocelí České vysoké učení technické v Praze, Fakulta stavební
23-08031K Mgr. Michal Mazur PhD. Racionální design katalyzátorů pro valorizaci ligninu podpořený víceúrovňovým modelováním Univerzita Karlova, Přírodovědecká fakulta
23-04856K Prof. PhDr. Petr Karlík CSc. Chování klitik v češtině a slovinštině Masarykova univerzita, Filozofická fakulta

Oznámení o výsledcích společné výzvy k podávání česko-slovinských projektů hodnocených na principu LA v základním výzkumu (pdf)

 

Projekty jsou podpořeny na základě spolupráce v iniciativě WEAVE, která propojuje 12 evropských organizací zabývajících se podporou vědy.

Exosomy produkované nádorovými buňkami významně ovlivňují nádorový ekosystém

Od poloviny 20. století se zvyšuje počet pacientů trpících zhoubnými onemocněními, a to do té míry, že před nástupem epidemie COVID-19 byly maligní tumory druhou nejčastější příčinou úmrtí. Tento nepříznivý trend se projevuje zejména v rozvinutých zemích s vyspělou a široce dostupnou zdravotní péčí. V České republice se v současnosti se zhoubným onemocněním setká v průběhu svého života každý druhý obyvatel. To ale nutně neznamená, že toto onemocnění bude také příčinou jeho úmrtí. V léčbě nádorů totiž dosáhla medicína díky mezioborovému a mezinárodnímu výzkumu významných pokroků. Mnoho pacientů tak může být zcela vyléčeno nebo jejich onemocnění může být úspěšně kontrolováno.

Není zcela jasné, proč jsou v současnosti nádory tak velmi časté. Podezřívána je řada faktorů: změny životního stylu, zvýšený přísun kalorií v potravě nebo znečištění životního prostředí. Tyto převážně zevní vlivy jsou skutečně z velké části zodpovědné za zvýšený výskyt malignit. Populárně řečeno, rakovina je dnes mnoha lidmi vnímána jako civilizační choroba. Jsou ale tyto vlivy jediným důvodem nárůstu incidence malignit v lidské populaci? Patrně ne.

Významným, ne-li dokonce hlavním viníkem, se totiž zdá být stárnutí obyvatelstva. Z epidemiologických studií vyplývá, že nejčastější je výskyt malignit ve vyšším věku, zejména nad 65 let. Toto dožití je vedle řady jiných faktorů podmíněno primárně úrovní a dostupností kvalitní zdravotnické péče. Nádory se pak zdají být určitou daní za zvýšení průměrného věku dožití. Z kauzálního pohledu se prostředí, ve kterém žijeme, jistě mění. Lidstvo se ale mění také – stárne.

Ze zhoubných onemocnění se stává stále významnější problém, a to nejen zdravotnický, ale i sociální a ekonomický. Léčba a péče o seniorní pacienty musí zohledňovat jejich určitou zranitelnost a křehkost (anglicky frailty). Nelze se proto divit, že vědci na celém světě hledají nové cesty, jak zlepšit prevenci a diagnostiku nádorů a zvýšit efektivitu léčby za podmínek finanční udržitelnosti zdravotnických systémů.

Nádor jako ekosystém

Velmi dlouho byl nádor chápán jako de facto genetické onemocnění klonálně vycházející z nádorové buňky. Nádorový charakter taková buňka získává díky vrozené nebo později získané a neopravené mutaci DNA. Ve skutečnosti ale takových mutací bývá před propuknutím nádorového onemocnění potřeba získat a neopravit mnoho. Kumulaci mutací v genomu cílové buňky mohou usnadnit další faktory jako například virová infekce, která mimo jiné dokáže vyřadit některé z regulačních mechanismů chránících genetickou integritu buňky. Takový úzce fokusovaný pohled do patofyziologie malignit objasnil mnoho buněčných mechanismů, a dokonce umožnil etablovat i některé léčebné postupy terapeuticky zamířené přesně na mutovanou nádorovou populaci. V praxi ale takové „kouzelné kulky“ bývají drahé a – bohužel – často selhávají (poznámka: termín a koncept „zázračné kulky“ v terapii lidských onemocnění pochází od Paula Ehrlicha, 1907).

V pozdějších letech proto pohled na nádor začal být integrativní. Kromě vlastní mutované populace buněk totiž nádor obsahuje i mnoho buněk, které nejsou mutovány, ale významně se při průběhu nádorového onemocnění uplatňují. Pro tyto „ostatní“ složky nádoru se vžilo souhrnné označení stroma. Dnes je tedy nádor chápán spíše jako komplexní orgán nebo ekosystém a pro popis událostí uvnitř nádoru je možné používat terminologii známou z makrosvěta krajinné a populační ekologie. Nádorovou buňku totiž obklopuje v tumoru řada dalších buněčných typů, které s ní mohou interagovat rozličnými způsoby. Jmenovitě jsou to buňky imunitního systému, které ale často místo aby nádorovou buňku likvidovaly, spíše její proliferaci podporují. Dále jsou to nádorově asociované fibroblasty, které se podobají aktivovaným myofibroblastům. Tyto fibroblasty pak místo tvorby fyzické bariéry invazi nádorových buněk nejen umožňují, ale paradoxně ji i vedou. Kolektivně buňky stromatu spolu s vlastní nádorovou populací představují jakési komunikační centrum nádoru. Do popředí pak vystupují spíše než samotné jednotlivé populace jejich vzájemné interakce.

Nádorová buňka v kontextu tumoru ale může být stále chápána jako princeps inter pares, tedy první mezi rovnými. Stroma totiž musí být ke své podpůrné funkci nejprve rekrutováno a vycvičeno. Například nádorově asociované fibroblasty vznikají pod vlivem nádorové buňky nejčastěji přímo z lokálních fibroblastů nacházejících se v její bezprostřední blízkosti. Velmi zajímavá je skutečnost, že z cytologického hlediska se stroma nádoru výrazně podobá granulační tkáni, která je důležitou součástí hojící se rány. Myofibroblasty exprimující hladkosvalový aktin nejen že přispívají ke kontrakci rány, ale svými uvolňovanými aktivními působky stimulují její hojení až po finální reepitelizaci. Podobně nádorově asociované fibroblasty také stimulují migraci a proliferaci nádorových buněk. Extracelulární matrix a přítomné aktivní molekuly tak vytvářejí specifické nádorové mikroprostředí, které nádorové buňce poskytuje optimální podmínky pro její přežití. Bez svého mikroprostředí je pak nádorová buňka snadno zranitelná. Je tedy evidentní, že nádorová buňka v kontextu vzniku nádoru sehrává prim, ale v dalších krocích postupu rozvoje nádorového procesu již stroma není jen druhořadým hráčem a skýtá nezanedbatelný terapeutický potenciál: Kouzelné kulky nemusí mířit pouze na nádorové buňky, mohou cílit i na zkorumpované buňky nádorového mikroprostředí.

Jak spolu buňky nádorového ekosystému komunikují?

Buňky se ve tkáních spolu navzájem dotýkají a mohou se tak ovlivňovat. Mnohem významnější je ale patrně ovlivňování nepřímé, které zprostředkovávají z buněk uvolňované signály představované biologicky aktivní působky, nejčastěji proteinové povahy. Buňky tedy mohou mezi sebou vzájemně komunikovat v nádorovém mikroprostředí i bez přímého kontaktu, parakrinně. Je zajímavé, že řada z takových signálních molekul jsou proteiny podporující zánět, zejména pak interleukiny IL-6 a IL-8. Právě tyto signály jsou v tumoru významně produkovány nádorově asociovanými fibroblasty. Prozánětlivé cytokiny se podílejí na udržování nádorové buňky v aktivním stavu, což umožňuje například udržet si nízký diferenciační stupeň, udržet si schopnost neomezeného dělení anebo posílit tendenci k migraci. Tak vzniká nejnebezpečnější komplikace nádorového onemocnění – metastáza.

Tyto faktory se ale navíc přes cévní kapiláry v nádoru dostávají i do krevního oběhu, který je zanese i do vzdálených částí těla. Tím se ale podstatně mění i styl komunikace a z tumoru uvolňované látky se stávají endokrinními signály. Tyto signály působící i na velké vzdálenosti vytvářejí vhodné podmínky pro následné přijetí migrující nádorové buňky ve vzdáleném orgánu. Opět s poukazem na zavedenou ekologickou terminologii označujeme takové příhodně připravené místo v cílové tkáni jako premetastatickou niku.

Dlouhodobě zvýšená hladina bioaktivních faktorů významně ovlivňuje ale celý organismus pacienta. Nádory je tedy vhodné pro účely smysluplné terapie vnímat jako systémové choroby. Signály uvolňované nádorem působí pak na funkci jaterních buněk, tukovou tkáň či vlákna kosterního svalu. Organismus pod vlivem těchto signálů chátrá a dostavuje se kachexie. Kromě toho tyto bioaktivní působky pronikají i do mozku, kde nádorový signál ovlivňuje chování pacienta, což vede ke klinicky manifestním poruchám nálady, zejména depresivním stavům. V hypothalamu působení cytokinů pak navozuje i poruchy příjmu potravy. Tyto vlivy pak synergicky vedou až k rychlému úmrtí pacienta.

Nádorové exosomy – informace sbalená na cesty

Vedle malých signálních molekul jsou v poslední době v souvislosti s výměnou informací mezi populacemi spoluvytvářejícími nádor studovány jako významný komunikační nástroj takzvané exosomy. Jedná se o velmi malé váčky velikosti nepřesahující pouhých 150 nanometrů (pětina vlnové délky červeného světla). Tyto nanovezikuly jsou tvořené buněčnou membránou obsahující náklad zahrnující kromě řady možných proteinů i informační molekuly, například mikroRNA. Právě tento obsah nukleových kyselin v exosomech činí z těchto mediátorů mezibuněčné komunikace velmi účinný nástroj s obrovským regulačním potenciálem vůči cílové struktuře. Navíc jde o nástroj s potenciálně dlouhodobým působením, než jaké lze očekávat například od proteinů relativně krátkodobě interagujících s buněčnými receptory.

Jakkoli existuje již velká suma poznatků o vlivu exosomů na vlastní nádorové buňky, je známo výrazně méně o jejich vlivu na stroma nádoru. A právě tento aspekt vlivu nádorových exosomů na nádorově asociované fibroblasty byl předmětem výzkumu vedeného prof. Karlem Smetanou Jr. z Anatomického ústavu 1. lékařské fakulty Karlovy univerzity podpořeného grantem GA ČR. Kromě odborníků z 1. lékařské fakulty a Přírodovědecké fakulty UK se na výzkumu podíleli také vědci z Ústavu molekulární genetiky AV ČR. Vzhledem k vysoké finanční náročnosti, byl tento výzkum významně spolufinancován i z prostředků Centra nádorové ekologie (CNE). Projekt CNE konsorcia vedeného profesorem Smetanou byl vybrán k financování v rámci Operačního programu Výzkum, Vývoj, Vzdělávání hrazeného z prostředků Evropské unie.

fibroblasty_1Obr. 1) Nádorově asociované fibroblasty (A, B) jsou znázorněné pomocí interakce F-aktinu s phalloidinem značeným rhodaminem (červený signál), jádra jsou znázorněna DAPI. Exosomy produkované nádorovými buňkami značené GFP (zelený signál; A) se vážou na fibroblasty. Měřítko je 100 mm.

V průběhu tohoto projektu se podařilo pro výzkum nejprve vyvinout postup pro reprodukovatelnou izolaci exosomů v dostatečné čistotě a množství. Exosomy byly produkovány za striktně definovaných podmínek kulturami buněk linie maligního kožního melanomu. Metodou komparativní buněčné analýzy byl charakterizován vliv exosomů na normální kožní fibroblasty a nádorově asociované fibroblasty v podmínkách tkáňové kultury (obr. 1). Bylo zjištěno, že exosomy z melanomových buněk významně snižují adhezivitu a rozprostření obou typů fibroblastů. Na druhou stranu se tyto změny logicky odrážejí i ve zvýšení schopnosti fibroblastů migrovat ve 3D kolagenních gelech. Pomocí RNA sekvenace byl sledován vliv produkovaných exosomů na celogenomový transkripční profil obou typů fibroblastů. Poněkud překvapivě nebyl efekt přidaných exosomů zcela bezprostřední; větší rozdíly byly totiž pozorovány až ve střednědobém horizontu několika dnů. To může naznačovat právě dlouhodobější vliv, který exosomy v průběhu nádorového procesu sehrávají.

exosomy

Obr. 2) Po ovlivnění exosomy z nádorových buněk dochází ke kvalitativně odlišným změnám v genové expresi prozánětlivých interleukinů IL6 (A) a CXCL8/IL8 (B) v normálních kožních fibroblastech a v nádorově asociovaných fibroblastech (CAF). Buňky byly ovlivněny buď exosomy z nádorových buněk (EXO G361), exosomy z hovězího fetálního séra (FBS) nebo nebyly ovlivněny (kontrola).

 

Na úrovni mRNA byl po ovlivnění exosomy zjištěn nápadný rozdíl v expresi genů odpovědných za zánětlivou odpověď. Za obzvláště významné je možno považovat skutečnost, že aktivita genů kódujících IL-6 a IL8 se po aplikaci exosomů nádorově asociovaným fibroblastům zvýší, a naproti tomu se u normálních fibroblastů sníží (obr. 2). Tato skutečnost byla ověřena i na proteinové úrovni pomocí protilátkových arrayí a kvantifikována pomocí metody ELISA. Naproti tomu ale exosomy ovlivňují v některých rysech chování fibroblastů obecně. Byla nalezena například podobná odpověď obou typů buněk na aplikaci exosomů v oblasti produkce a organizace mezibuněčné hmoty.

melanomove_bunky_1

Obr. 3) Melanomové buňky migrují ze sfér tvořených buňkami melanomu a nádorově asociovanými fibroblasty v kolagenním gelu obsahujícím exosomy produkované nádorovými melanocyty. Obvod sféry je vyznačen černě a hranice migrace je červená, měřítko je 1 mm.

Dále bylo ověřeno na 3D modelu, že exosomy z nádorových buněk se mohou významně podílet na regulaci chování buněk při invazi do jimi obohacené extracelulární matrix. Přidání exosomů do kolagenního gelu totiž urychluje migraci buněk melanomu ze sféroidních modelů vytvořených z fibroblastů a buněk melanomu (obr. 3). Migrace byla opět výraznější ze sfér, které obsahovaly nádorově asociované fibroblasty než z těch, ve kterých byly použity kontrolní kožní fibroblasty. Tato skutečnost jasně indikuje podíl exosomů a nádorově asociovaných fibroblastů nejen při lokálně invazivním postupu růstu nádoru, ale i při vzniku metastáz. Exosomy tak lze zjednodušeně přirovnat k nosičům souboru instrukcí, pomocí kterých nádorové buňky mohou přizpůsobovat mikroprostředí ke svým potřebám a usnadňovat si tak i cestu okolí i do vzdálených míst organizmu.

Exosomy produkované maligními buňkami melanomu ovlivňují v mnoha aspektech chování dermálních fibroblastů. Exosomy ale v některých aspektech aktivují odlišně nádorově asociované fibroblasty a normální kožní fibroblasty. Tyto rozdíly nejsou pouze kvantitativní, ale i kvalitativní. Provedené experimenty prokázaly jasnou souhru parakrinního působení nádorových buněk a jimi produkovaných exosomů zejména na nádorově asociované fibroblasty. Exosomy aktivované nádorově asociované fibroblasty pak v opačném směru regulace navádějí nádorové buňky při invazi do extracelulární matrix, a zvyšují tak jejich migrační potenciál. To může vést ke klinicky významným projevům, jako je lokální invaze a destrukce, nebo zakládání vzdálených metastáz. Přerušení této maligní komunikace mezi nádorovými a stromálními buňkami může být novou terapeutickou modalitou u rakovinných onemocnění.

karel_smetana

Prof. MUDr. Karel Smetana, DrSc., promoval na Fakultě všeobecného lékařství Karlovy Univerzity v roce 1983. V Anatomickém ústavu 1. lékařské fakulty Karlovy Univerzity v Praze a v Biotechnologickém a biomedicínském centru Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy (BIOCEV) ve Vestci se věnuje buněčné biologii, v poslední době zejména interakci nádorových a nenádorových buněk ve zhoubných nádorech. Je vědeckým koordinátorem projektu Centrum nádorové ekologie. Publikoval 245 odborných článků, 17 kapitol v odborných monografiích a učebnicích a 11 patentů. Jeho Hirschův index je 34. Působí v redakčních radách řady mezinárodních časopisů. Jeho práce byla odměněna cenou Česká hlava a Cenou ministra školství, mládeže a tělovýchovy České republiky za výzkum. Je voleným členem České lékařské akademie.

Čeští vědci budou pracovat s USA v oblasti kyberbezpečnosti

Grantové agentuře České republiky (GA ČR) se podařilo rozšířit spolupráci s nejvýznamnější americkou grantovou agenturou National Science Foundation (NSF). Nově tak budou moci vědci z obou zemí společně pracovat na vědeckých projektech v oblasti kyberbezpečnosti. Očekává se, že na podporu tohoto tématu půjde několik milionů korun ročně.

„Ve světle současné celosvětové bezpečnostní situace je kyberbezpečnost jednou z klíčových oblastí, na kterou je nezbytné se zaměřit. To, že jsou Američané ochotni spolupracovat s českými vědci právě v této oblasti, je jasným důkazem toho, že USA považují Českou republiku za důvěryhodného partnera,“ řekl předseda GA ČR prof. Petr Baldrian.

Čeští a američtí vědci mohou již od srpna 2021 žádat o společné financování vědeckých projektů z oblasti umělé inteligence, nanotechnologií, věd o plazmatu či astronomie a astrofyziky. „Americká agentura si pečlivě vybírá, s kým spolupráci naváže. Tuto největší vědeckou spolupráci mezi oběma státy trvalo dohodnout přes dva roky. Věříme, že se nám ji do budoucna podaří rozšířit i na další oblasti výzkumu, nejen o kyberbezpečenost,“ říká předseda GA ČR.

O náklady na jednotlivé projekty se budou agentury dělit – českou část projektu bude financovat GA ČR a americkou NSF. Očekává se, že každá z agentur podpoří vědecké projekty v oblasti kyberbezpečnosti několika miliony korun ročně.

O Grantové agentuře České republiky

Grantová agentura ČR jako jediná instituce v ČR poskytuje z veřejných prostředků účelovou podporu výhradně na projekty základního výzkumu – v letošním roce ve výši přibližně 4,7 mld. Kč. V rámci vyhlášených programů financuje vědecké projekty jak erudovaných vědců a jejich týmů, tak mladých a začínajících vědeckých pracovníků. Každý rok GA ČR podpoří stovky výzkumných projektů, a to na základě několikastupňového transparentního výběrového procesu.

O National Science Foundation

National Science Foundation (Národní vědecká nadace) je nezávislá vládní agentura v USA, založená v roce 1950, která je odpovědná za podporu základního výzkumu. V roce 2023 hospodaří s přibližně 9,9 mld. USD, její granty jsou zdrojem pro zhruba 25 % univerzitního základního výzkumu v USA. V rámci vysoce prestižních soutěží podporuje agentura přibližně 11 000 projektů ročně. Financování NSF stálo u zrodu mnoha ve své době revolučních technologií, za dobu své existence podpořila 258 pozdějších držitelů Nobelovy ceny.

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Jaké soutěže GA ČR letos vypíše?

Jako každý rok GA ČR letos vypíše soutěž Standardní projekty určenou pro všechny badatele a badatelky. Dále pak mezinárodní výzvy, do kterých budou moci podávat společné projekty řešitelé přinejmenším ze dvou států, a soutěže pro začínající vědce JUNIOR STAR a POSTDOC INDIVIDUAL FELLOWSHIP. Roční pauzu naopak bude mít soutěž EXPRO, která bude znovu vypsána v roce 2024. Soutěže budou vypsány přibližně v polovině února – vzhledem k tomu, že v zadávacích dokumentacích bude docházet jen k drobným změnám, mohou vědci a vědkyně své výzkumné projekty začít promýšlet již nyní.

Standardní projekty tvoří základ účelové podpory základního výzkumu v České republice – každý rok jich GA ČR financuje několik stovek, a to již od svého vzniku v roce 1993. Jejich prostřednictvím je podporován nejlepší základní výzkum ve všech oblastech. Návrhy projektů s obvyklou délkou řešení 3 roky mohou podávat všichni badatelé a jejich týmy bez ohledu na délku jejich vědecké kariéry. Projekty jsou hodnoceny na základě několikastupňového výběrového procesu.

Soutěž JUNIOR STAR se tradičně setkává s velkým zájmem navrhovatelů z řad excelentních začínajících vědkyň a vědců (do 8 let od získání titulu Ph.D.) ze všech oblastí základního výzkumu, kteří již publikovali v prestižních mezinárodních časopisech a mají za sebou významnou zahraniční zkušenost. Cílem pětiletých projektů s celkovým rozpočtem až 25 milionů Kč je poskytnout příležitost k vědeckému osamostatnění řešitele, včetně případného založení vlastní výzkumné skupiny, která do české vědy přinese nová badatelská témata. Na hodnocení projektů se stejně jako v případě EXPRO podílejí výhradně zahraniční hodnotitelé.

Již potřetí letos GA ČR vypíše soutěže POSTDOC INDVIDUAL FELLOWSHIP (PIF). Tento druh grantů je zaměřen na badatele a badatelky, kteří dokončili doktorské studium v posledních čtyřech letech. Využít ho lze dvěma způsoby – buď jako výjezdový grant, který vědcům z českých institucí umožní bádat dva roky na prestižním výzkumném pracovišti na světě s podmínkou jednoho dalšího roku stráveného na pracovišti v České republice, nebo jako příjezdový grant, díky kterému se bude český postdoktorand moci vrátit do České republiky, anebo zahraniční vědec nebo vědkyně zahájit kariéru na českém pracovišti.

Projekty, které řeší vědci a jejich týmy spolu s badateli z partnerských států, jsou samostatným typem grantů. V roce 2023 bude možné podávat GA ČR společné projekty s vědci z následujících států:

Výzvy hodnocené GA ČR budou vypsány spolu s ostatními soutěžemi v polovině února. Výzvy Lead Agency hodnocené v zahraničí budou vypsány v průběhu roku. Předpokládá se, že během letošního roku bude možné podávat společné projekty také s chorvatskými vědci (chorvatská agentura Croatian Science Foundation – HRRZ).

 

S ohledem na zachování stability grantového prostředí i snížení administrativní náročnosti plánuje GA ČR v opakovaně vypisovaných výzvách změny jen v drobném rozsahu – můžete se proto při přípravě projektů orientovat podle zadávací dokumentace a pravidel z minulých let.

Aby Vám žádná výzva neutekla, doporučujeme sledovat seznam všech aktuálně vyhlášených výzev nebo se přihlásit k odběru novinek (v dolní části hlavní stránky).

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Čeští vědci vyluštili záhadný genetický kód nově objeveného parazita

Nový druh cizopasníka objevený v plošticích na Turnovsku představuje mimořádný objev. Ukázalo se totiž, že parazit má naprosto nepředvídatelnou a výraznou odchylku od genetického kódu, který je jinak úplně stejný u drtivé většiny organismů včetně člověka. Rozluštění této genetické záhady, o něž se postarali výhradně čeští molekulární biologové především z Mikrobiologického ústavu AV ČR a Parazitologického ústavu Biologického centra AV ČR s podporou Grantové agentury ČR, otiskl prestižní odborný časopis Nature.

Ačkoli nově popsaný parazitický prvok Blastocrithidia nonstop nenapadá přímo člověka, je blízce příbuzný trypanozomám, které způsobují řadu závažných chorob, například spavou nemoc. Díky své genetické „úchylce“ je nový prvok velmi cenný pro další biologický výzkum, protože může vědcům umožnit dosud nepředstavitelné manipulace s genetickým kódem.

Plostice Eysarcoris aeneus FOTO Miroslav Fiala

Ploštice Eysarcoris aeneus , foto: Miroslav Fiala

Genom je jako kniha plná vět – genů

Genetická informace je uložena v molekulách DNA, jejichž jednotlivé úseky označujeme jako geny a jejich soubor v daném organismu se nazývá genom. Každý gen v sobě obsahuje recept na výrobu jedné bílkoviny, která vzniká různými kombinacemi dvaceti základních aminokyselin procesem zvaným proteosyntéza. Pro jednoduchost si lze gen představit jako jednu větu začínající velkým písmenem a končící tečkou, zatímco genom je kniha vyprávějící celý příběh. Velká písmena a tečky oddělují jednotlivé věty a dávají tak celému příběhu jasnou strukturu a smysl (viz obr.).

Obr.: Leoš Valášek, Mikrobiologický ústav AV ČR

Nedávno se však ukázalo, že existují organismy, do jejichž vět pronikly tečky navíc, a to tak, že nahradily specifická písmena libovolných slov (E a V, které značí konkrétní aminokyseliny).
V důsledku toho jsou čtenáři (v případě genomu se jedná o buněčné luštitele genetického kódu – tzv. ribozomy) zmateni, kde věty skutečně končí, a příběh se stává zcela nesrozumitelným (viz obr.). V přeneseném slova smyslu by se dalo říci, že u nich došlo k biblickému zmatení jazyků jako v pradávné říši Babylonské.

Snad nejzmatenější ze všech je právě nově popsaný druh trypanozomy, parazitující v českých plošticích. Vědci z Parazitologického ústavu Biologického centra a Mikrobiologického ústavu AV ČR objevili molekulární mechanismus, který se u tohoto prvoka vyvinul, aby čtenář (ribozom) mohl procházet jeho genetickými větami tak, jako by v nich žádné tečky navíc nebyly. Věty jsou však natolik specificky zašifrované, že čtenáři (ribozomy) žádných jiných organismů nedokážou příběh (genetickou informaci) správně rozluštit.

„Trik spočívá v povaze a délce molekuly transferové RNA (tRNA), která ribozomu běžně slouží jako luštitelská příručka, a v jedinečné úpravě jedné bílkoviny, která v buňkách za normálních okolností zajišťuje rozpoznávání teček, tedy přesné ukončení proteosyntézy,“ vysvětluje Leoš Valášek z Mikrobiologického ústavu AV ČR. Součinností těchto dvou upravených molekul pozná ribozom tohoto prvoka, kdy má, nehledě na spoustu teček, větu správně ukončit, a kdy má tečky naopak nahradit dvěma původními písmenky (E a V), což příběhu (genetické informaci) vrátí smysl (viz obr.).

Blastocrithidia obr 02 FOTO Jan Votýpka

Parazitický prvok Blastocrithidia nonstop, foto: Jan Votýpka

 

„Vypadá to tak trochu jako opravený diktát nepozorného žáka základní školy, ale jak přesvědčivě ukazuje studovaná trypanozoma, dá se s tím dobře žít. Jedná se o naprosto nečekaný a dramatický odklon od standardního genetického kódu, který je podstatou všeho živého,“ dodává další z autorů objevu, Zdeněk Paris z Parazitologického ústavu Biologického centra AV ČR.

Tento objev je důležitý nejen pro základní biologický výzkum, ale i pro nejnovější vědecké trendy, jakým je např. syntetická biologie, jejímž cílem je uměle vytvořit a vylepšit produkci a vlastnosti biologických látek pro nejrůznější účely.

„Cílená podpora excelentní vědy a vědeckých projektů umožňuje dosáhnout výsledků, které, jako je to v tomto případě, mění pohled na základní fungování světa. Jsem rád, že naše financování umožňuje českým vědcům dosáhnout těchto fascinujících objevů,“ dodává Petr Baldrian, předseda Grantové agentury ČR, která financuje excelentní základní výzkum.

 

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Přírodovědci z Univerzity Karlovy budou spolu s brazilskými kolegy zkoumat ukládání uhlíku v oceánech

Grantová agentura České republiky (GA ČR) společně s brazilskou São Paulo Research Foundation (FAPESP) rozhodla o podpoře projektu „Produktivita, ventilace a rozpouštění karbonátu jako proxy procesu ukládání uhlíku v oceánech-studie z J-JV části Brazilského kontinentálního okraje“ podaným RNDr. Filipe Scheinerem, Ph.D. (Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy) a prof. Karen Badaraco Costa (University of São Paulo). Řešení projektu bude trvat 3 roky.

Financování projektu je možné díky spolupráci GA ČR a FAPESP. Projekt prošel úspěšně hodnoticím procesem obou agentur. Každá z institucí bude financovat tu část nákladů, která náleží vědcům z daného státu.

Oznámení o výsledcích veřejné soutěže na podporu grantových projektů Mezinárodní projekty – 2023 – the São Paulo Research Foundation (Brazílie) – FAPESP (pdf)

 

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Výzva pro podávání slovinsko-českých projektů

Grantová agentura České republiky (GA ČR) vyhlašuje výzvu pro podávání projektů na principu hodnocení Lead Agency s předpokládaným počátkem řešení v roce 2023. Výzva se týká projektů financovaných ve spolupráci se slovinskou agenturou Javna agencija za raziskovalno dejavnost Republike Slovenije (ARRS) v rámci iniciativy Weave. V této výzvě vystupuje slovinská agentura ARRS jako Lead Agency, tedy hodnotí návrhy projektů po vědecké stránce a GA ČR výsledky hodnoticího procesu přebírá.

 

Přihláška

Soutěžní lhůta začíná 11. 1. 2023. Českou část přihlášky je možné podávat nejpozději do 7. 3. 2023, tedy do 7 dnů po oficiálním deadlinu 28. 2. 2023, který stanovila pro slovinské uchazeče agentura ARRS. Čestná prohlášení/prohlášení o způsobilosti/výpis z evidence skutečných majitelů* na základě § 14 odst. 3 písm. e) zákona č. 218/2000 Sb. o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla), ve znění pozdějších předpisů zasílejte do datové schránky a8uadk4 do výše uvedeného termínu podání české části přihlášky, jako předmět zprávy uveďte „Způsobilost“. Pokud uchazeč způsobilost v letošním roce již doložil a nedošlo k žádné změně, není třeba ji dokládat znovu.

Upozorňujeme, že je nezbytné ze strany společného mezinárodního týmu zajistit podání přihlášky ve výše uvedených lhůtách jak k ARRS (podle příslušných pravidel ARRS), tak ke GA ČR, tj. slovinským navrhovatelem k ARRS a českým navrhovatelem ke GA ČR. Nedojde-li ke spárování obou žádostí o grant, je přihláška z hodnocení vyřazena. U trilaterálních projektů musí být přihláška podána také ke třetí příslušné agentuře.

Pravidla pro podávání návrhů projektů a formuláře čestných prohlášení k prokázání způsobilosti naleznete níže v příloze nebo v záložce „Zadávací dokumentace“.

Projekty jsou max. tříleté, GA ČR umožňuje délku trvání projektu 24, nebo 36 měsíců.

 

*Uchazeč je podle ustanovení § 14 odst. 3 písm. e) rozpočtových pravidel povinen předložit údaje o skutečném majiteli právnické osoby podle zákona upravujícího evidenci skutečných majitelů (zákon č. 37/2021 Sb., o evidenci skutečných majitelů, ve znění pozdějších předpisů), a to ve formě úplného výpisu platných údajů a údajů, které byly vymazány bez náhrady nebo s nahrazením novými údaji, jedná-li se o evidující osobu; v případě, že je žadatel o dotaci zahraniční právnickou osobou, doloží údaje o svém skutečném majiteli buď výpisem ze zahraniční evidence obdobné evidenci skutečných majitelů, nebo, pokud taková zahraniční evidence neexistuje, sdělí identifikační údaje všech osob, které jsou skutečným majitelem zahraniční právnické osoby, a předloží doklady, z nichž vyplývá vztah všech osob k zahraniční právnické osobě, zejména výpis ze zahraniční evidence obdobné obchodnímu rejstříku, seznam akcionářů, rozhodnutí statutárního orgánu o vyplacení podílu na zisku, společenská smlouva, zakladatelská listina nebo stanovy.

 

Souběhy návrhů projektů

Pro souběhy návrhů projektů, ve kterých vystupuje stejná osoba navrhovatele nebo spolunavrhovatele, platí pravidlo stanovené v čl. 3 odst. 17 Pravidel.

Návrhy projektů podané do této výzvy se budou započítávat do maximálního počtu návrhů projektů podaných do výzev s předpokládaným počátkem řešení v roce 2023.

 

Potřebujete poradit?

Helpdesk GA ČR

Oddělení mezinárodních vztahů

 

Další informace a odkazy

 

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Káva není jenom k pití aneb využití kofeinu v boji proti dřevokazným škůdcům

Dřevo patří mezi nejstarší stavební materiály vůbec. Pro svoji různorodost fyzikálně-chemických vlastností a poměrně dobrou dostupnost je využíváno k mnoha účelům. Protože se ale jedná o biologický materiál, dochází v průběhu času ke změnám jeho vlastností a postupnému poškozování vlivem počasí a působení biologických škůdců. Je proto dobré jej před těmito vlivy chránit.

K ochraně dřevěných staveb a materiálů na bázi dřeva je možné používat nejen umělé, běžně dostupné komerční biocidní přípravky, ale také různé rostlinné výtažky, které jsou přírodního původu a jsou více ekologické.

Jednou takovou skupinou rostlinami produkovaných látek, methylxanthiny, se v rámci svého výzkumu zabývala skupina badatelů, složená z vědců a studentů Fakulty stavební Českého vysokého učení technického v Praze (ČVUT) a Fakulty lesnické a dřevařské České zemědělské univerzity v Praze (ČZU). Jejich výzkum byl finančně podpořen Grantovou agenturou ČR. Vedoucím projektu „Vliv biocidů na bázi metylxantinů na vlastnosti dřeva pro konstrukční účely“ byla RNDr. Klára Kobetičová, Ph.D., z ČVUT a za ČZU byl za odbornou část projektu zodpovědný doc. Ing. Miloš Pánek, Ph.D.

Methylxanthiny

O jaké látky se jedná? Určitě každý z nás se již ve svém životě setkal s kofeinem. Tato látka je syntetizována mnoha rostlinami, člověk ji přijímá převážně pitím kávy a čaje. Pro svoje povzbuzující účinky dnes bývá přidávána nejen do různých potravin a nápojů, ale také do léčiv a kosmetických prostředků. Některé rostliny přitom kofein vytvářejí záměrně, pro svoji vlastní potřebu, na ochranu proti biologickým nepřátelům a patogenům. Kromě kofeinu jsou ale rostliny schopné syntetizovat i další, kofeinu strukturně velmi podobné látky, které se pro změnu vyskytují například v listech a kůře, v kakaových bobech (theobromin), některé bývají pro svoje biologické účinky přidávány do různých léčiv (např. theophylin).

Výzkumné téma

Proč tedy tyto látky nezkusit využít obecně v boji proti škůdcům dřeva – plísním, houbám a hmyzu? Tuto základní hypotézu si kladli řešitelé projektu a vyzkoušeli účinnost vyjmenovaných methylxanthinů na druzích dřeva, které se v našich středoevropských podmínkách nejčastěji používají pro konstrukční účely (smrk, borovice, buk).

V průběhu výzkumu bylo zjištěno, že kofein byl nejefektivnější látkou, teobromin a teofylin tak účinné nebyly. Kofein nemá negativní vliv na změny fyzikálních a mechanických vlastností testovaných dřevin, jeho účinnost proti biologickému napadení byla prokázána převážně u smrku. Největší rozdíly v účinnosti byly zjištěny mezi jednotlivými skupinami škůdců – plísněmi, houbami a termity. Nejúčinnější je kofein proti houbám, které způsobují hnilobu, lze jej ale také použít jako ekologicky přijatelnou krátkodobou ochranu proti dřevo-zbarvujícím houbám ve skladech řeziva.

kobeticova_bukove_drevoSnímky bukového dřeva, které bylo ošetřeno roztokem kofeinu. Na snímku vlevo je diagonálně zobrazena céva při 2 500násobném zvětšení a pravý snímek představuje zvětšený výřez s detailním zobrazením povrchu při 50 000násobném zvětšení pod elektronovým mikroskopem.

Závěry

Výsledky projektu byly publikovány v několika mezinárodních impaktovaných časopisech. Využití ochranných prostředků na bázi vodného roztoku kofeinu má veliký potenciál pro praktické využití ochrany dřeva. Kofein je ekologický a jeho nespornou výhodou je preventivní ochrana dřeva proti biologickému napadení, pokud je finální produkt vystaven náhodné vlhkosti nebo kondenzované vodě. Díky výzkumu podpořenému Grantovou agenturou ČR byla nalezena a ověřena nejlepší technologie jeho aplikace.

 

Klára Kobetičová

klara_kobeticova

RNDr. Klára Kobetičová, Ph.D., absolvovala Fakultu Přírodovědeckou na Masarykově Univerzitě v Brně. Nyní pracuje na ČVUT v Praze, je vedoucí biologické laboratoře na katedře Materiálového inženýrství a chemie. Na této univerzitě také vyučuje předměty Chemie a Ekotoxikologie stavebních materiálů. Zabývá se environmentálním působením chemických látek, které mohou být součástí různých stavebních materiálů a také vývoj přípravků na přírodní bázi pro ochranu stavebních materiálů proti biodegradaci.

 

Miloš Pánek

milos_panek

Doc. Ing. Miloš Pánek, PhD., vystudoval dřevařské inženýrství na Dřevařské fakultě Technické univerzity ve Zvolenu. Nyní pracuje na Fakultě lesnické a dřevařské České zemědělské univerzity v Praze jako vysokoškolský pedagog. Ve výzkumu a výuce se zaměřuje na ochranu dřeva vůči biotickým a abiotickým poškozením. Hlavním vědeckým tématem je vývoj a testování transparentních nátěrových systému na dřevě v exteriéru, ale také využití a testování látek přírodního původu jako potenciálně účinných biocidů pro ochranu dřeva.

 

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY