Grantová agentura České republiky vyhlašuje rozhodnutí o udělení podpory na řešení projektů, které uspěly v soutěži SGA0202000003 – Mezinárodní (bilaterální) projekty vyhlašované na základě bilaterální dohody s National Research Foundation of Korea (NRF). Projekty budou podpořeny za podmínky, že zákonem o státním rozpočtu České republiky na rok 2020 budou Grantové agentuře České republiky přiděleny účelové prostředky ve výši schválené RVVI a vládou ČR. V případě přidělení účelových prostředků v nižší výši si Grantová agentura České republiky vyhrazuje právo poskytnutí podpory na některé níže uvedené grantové projekty omezit nebo podporu na některé tyto grantové projekty neposkytnout. Seznam podpořených projektů
Vážení řešitelé, v aplikaci pro podávání a správu grantových projektů (GRIS) byly zpřístupněny formuláře dílčích a závěrečných zpráv.
Termín pro odevzdání dílčích zpráv je 16. 1. 2020.
Termín pro odevzdání závěrečných zpráv je 3. 2. 2020.
Termín pro odevzdání dílčích finančních zpráv pro EXPRO je 3. 2. 2020.
V případě jakýchkoliv dotazů se neváhejte obrátit na pracovníky našeho Helpdesku GA ČR:
telefonicky v úředních hodinách na tel. č. 227 088 841
Po – Čt: 9 – 16:00
Pá: 9 – 15:00
písemně (info@gacr.cz – pro všeobecné dotazy) / (kontakty@gacr.cz – pro hesla a změny osob a institucí) Helpdesk
V komunálních odpadních vodách, které byly v minulosti považovány za poměrně snadno čistitelné, se ve stále větší míře objevují látky, které boří tyto zavedené mýty. Významnou skupinu těchto látek představují progestiny (či progestageny), které jsou obsaženy například v hormonální antikoncepci, ale i v jiných hormonálních preparátech, což je předurčuje k velmi širokému terapeutickému využití. S tím potom souvisí i jejich zvyšující se výskyt v komunálních odpadních vodách. Tyto látky mnohdy procházejí čistírnami odpadních vod bez výraznějších změn. Díky tomu se dostávají do povrchových vod, kde již byl jejich výskyt v různých částech světa prokázán. Informace o výskytu syntetických progestinů byly však dosud spíše útržkovité. Tým pod vedením docentky Hany Kocour Kroupové z Fakulty rybářství a ochrany vod Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích začal v rámci projektu Grantové agentury České republiky tyto látky systematicky sledovat. Projekt pod názvem Výskyt a osud syntetických progestinů ve vodním prostředí a jejich vliv na ryby trval tři roky a dosáhl výborných výsledků.
Už se někdo v minulosti sledováním syntetických progestinů zabýval?
Systematické sledování se před započetím našeho projektu neprovádělo, ačkoli syntetické progestiny mohou představovat velké riziko, a to nejen pro vodní organismy. Jedná se totiž o látky, které svou povahou napodobují přirozeně se vyskytující hormony a jejich nekontrolovaný vstup do organismu může vážným způsobem narušit stávající hormonální rovnováhu, o dalších vedlejších účincích těchto preparátů nemluvě.
Kde výzkum probíhal?
Probíhal jak v terénu, tak i v laboratorních podmínkách. Při mapování výskytu syntetických progestinů a s nimi souvisejících hormonálních aktivit jsme se zaměřili na „rizikové“ lokality, ke kterým patří odtoky z čistíren komunálních odpadních vod a dále místa pod zaústěním vyčištěných odpadních vod do povrchových vod, kde dochází k jejich naředění. V těchto místech byly odebírány vzorky vody k analýzám. Souběžně s monitoringem výskytu syntetických progestinů v povrchových vodách byly prováděny laboratorní pokusy, jejichž cílem bylo sledovat hormonální aktivity těchto látek in vitro a jejich vliv na ryby in vivo.
Proč jste se rozhodli v projektu zkoumat právě toto téma?
Během několika posledních desetiletí byly shromážděny důkazy o tom, že některé sloučeniny, které se dostávají do životního prostředí, mohou negativně ovlivňovat endokrinní systém volně žijících živočichů i lidí. Tyto látky začaly být souhrnně označovány jako endokrinní disruptory. Jednou z nejvíce sledovaných látek ze skupiny endokrinních disruptorů je 17α-ethinylestradiol, který je součástí většiny perorálních antikoncepčních přípravků. Bylo prokázáno, že tato látka hrála mimo jiné významnou roli při indukci intersexu u volně žijících sladkovodních ryb v řekách ve Velké Británii, a dokonce způsobila kolaps populace divokých ryb v sedmiletém experimentu, který byl prováděn na jednom z kanadských jezer. Poněkud v pozadí zájmu však dosud zůstávaly syntetické progestiny, které představují další důležitou ingredienci hormonální antikoncepce, a jejichž spotřeba je dokonce vyšší než u výše zmíněného 17α-ethinylestradiolu.
Klíčoví členové týmu juniorského projektu GAČR. Zleva doprava: Christoph Steinbach, Ph.D., Pavel Šauer, Ph.D., Alžběta Stará, Ph.D., Ing. Marie Šandová.
Jak projekt probíhal?
Aby bylo možné monitorovat výskyt progestinů ve vodním prostředí ČR, bylo nutné nejdříve vyvinout citlivou, a hlavně spolehlivou analytickou metodu. Tato metoda byla vyvinuta ve spolupráci s pracovní skupinou doc. Romana Grabice, Ph.D. z Laboratoře environmentální chemie a biochemie z naší fakulty. Jedná se o poměrně unikátní metodu, jejíž předností je, že postihuje všechny progestiny předepisované v jedné zemi. Dosud prováděné analýzy totiž zahrnovaly pouze několik vybraných progestinů bez ohledu na jejich spotřebu v dané zemi. Navíc, některé progestiny byly analyzovány vůbec poprvé. Na tomto místě je třeba vyzdvihnout také citlivost metody, neboť hodnoty limitu kvantifikace (LOQ) se pohybují v rozmezí od 0,02 do 0,87 ng/l.
Dalším důležitým úkolem byl výběr citlivého a spolehlivého in vitro biotestu vhodného pro sledování hormonálních aktivit vzorků vody odebraných na rizikových lokalitách, i čistých látek (progestinů). Volba v tomto případě padla na komerčně dostupné reportérové in vitro biotesty řady CALUX (BioDetection Systems, Nizozemí), které se nám velmi osvědčily.
Dále jsme prováděli dlouhodobé laboratorní experimenty na dvou modelových druzích ryb. Cílem těchto testů bylo zjistit, do jaké míry ovlivňují vybrané syntetické progestiny vývoj pohlavního ústrojí ryb a zda jsou schopné ovlivnit reprodukční chování a v konečném výsledku i plodnost ryb.
Překvapilo vás něco?
Překvapilo nás, že i relativně nízká koncentrace syntetického progestinu, v jednotkách nanogramů na litr, může významně ovlivnit nejen reprodukční chování ryb, ale dokonce jejich reprodukci úplně inhibovat. Dalším zajímavým faktem bylo zjištění, že expozice binární směsi syntetických progestinů o nízké koncentraci (opět jednotky ng/l), ale už ne jednotlivým látkám o stejné koncentraci, vedla k výraznému zvýšení podílu hermafroditních ryb (intersexu). Na tomto místě bych chtěla zdůraznit, že v životním prostředí jsou organismy vystavovány právě směsím různých polutantů a bez detailnějších studií lze těžko odhadnout, jak se účinky jednotlivých polutantů budou ve směsi projevovat. A proto pokud jednotlivé látky v laboratorních podmínkách nezpůsobí žádné negativní změny, neznamená to, že se tak budou tyto látky chovat i ve směsích. Tento fakt je potřeba mít na paměti při hodnocení „bezpečnosti“ či rizikovosti výskytu polutantů v životním prostředí. Je samozřejmé, že v těchto souvislostech daný problém nabývá ohromných rozměrů.
V rámci řešení projektu jsme naštěstí dospěli i k jednomu pozitivnímu zjištění, které nás velmi potěšilo. Provedený monitoring výskytu progestinů totiž ukázal, že koncentrace sledovaných hormonů na odtoku z českých čistíren odpadních vod zatím nedosahují tak vysokých hodnot, jaké byly zaznamenány v jiných evropských či asijských státech. Ale vzhledem k neustále narůstající spotřebě hormonálních preparátů a k jejich rozšiřujícímu se spektru je třeba věnovat této problematice i nadále patřičnou pozornost.
Technička Ing. Marie Šandová při provádění in vitro biotestu pro sledování hormonálních aktivit syntetických progestinů a vzorků vody.
Jak mohou být získané informace využity v praxi?
Myslím si, že naše poznatky o výskytu a toxikologických vlastnostech syntetických progestinů by se mohly stát podkladem pro státní či evropské regulační orgány, které nastavují kritéria pro hodnocení kvality vody. Podle mého názoru by bylo vhodné rozšířit soubor polutantů, které jsou sledovány jako ukazatele jakosti povrchových vod, o některé vybrané progestiny.
Podařilo se v projektu naplnit cíle, které jste si stanovili?
Hlavní cíle projektu se nám naplnit podařilo. Nicméně v průběhu projektu vyvstalo několik dalších otázek. Zaujal nás například fakt, že vzorky vody z některých lokalit České republiky vykazují relativně silnou anti-progestagenní aktivitu. Dosud však není jasné, jaké důsledky by mohla mít taková aktivita pro vodní organismy. Dle mého názoru, je to jedna z otázek, na kterou bychom měli v budoucnu hledat odpověď.
Na čem dalším zajímavém nyní pracujete? Jaké další výzvy/mety máte před sebou?
V současné době se věnujeme screeningu (anti-)thyroidních aktivit ve vodním prostředí a hledání látek, které jsou nositeli těchto aktivit. Jedná se o látky (aktivity), které mohou negativně ovlivňovat činnost štítné žlázy, a to jak u lidí, tak u vodních organismů. Vzhledem k relativně vysoké prevalenci onemocnění štítné žlázy v lidské populaci, považujeme toto téma za velmi důležité. Jinak, nyní mám před sebou jeden velký úkol, tentokrát však zcela jiné povahy. Před nedávnem se nám totiž narodil další potomek.
Předsedkyně GA ČR podepsala 27. listopadu 2019 v Bruselu memorandum o vzájemné spolupráci se švýcarskou agenturou Swiss National Science Foundation. Díky tomu budou mít čeští vědci možnost rozšířit své aktivity v oblasti základního výzkumu o další zemi. První výzva je vyhlášená už nyní a funguje na principu hodnocení Lead Agency, kdy budou mít projekty délku řešení 3 roky. V první výzvě bude v roli Lead Agency vystupovat švýcarská agentura.
Příslušná pravidla pro podávání návrhů projektů v rámci nové LA spolupráce budou zveřejněna po začátku roku 2020.
V rámci naší agentury se nyní jedná o další novou zemi, se kterou spolupracujeme na bázi Lead Agency.
Grantová agentura České republiky dokončila vyhodnocení návrhů projektů v rámci veřejné soutěže ve výzkumu, experimentálním vývoji a inovacích na podporu grantových projektů základního výzkumu – Mezinárodní projekty – 2020 (SGA0202000003) a podmíněně rozhodla o financování následujících projektů realizovaných ve spolupráci s partnerskými agenturami Russian Foundation for Basic Research, Deutsche Forschungsgemeinschaft, Ministry of Science and Technology (Tchaj-wan), São Paulo Research Foundation a National Research Foundation of Korea, které je připravena financovat v případě dostatku finančních prostředků u obou partnerských agentur a za podmínky, že partnerská organizace, která doposud neukončila hodnoticí proces, rozhodne rovněž o financování těchto projektů. Poté co partnerská organizace ukončí hodnoticí proces, Grantová agentura České republiky vyrozumí každého uchazeče o udělení či neudělení grantu. Toto rozhodnutí je rovněž přijato s podmínkou, že zákonem o státním rozpočtu České republiky na rok 2020 budou Grantové agentuře České republiky přiděleny účelové prostředky ve výši schválené RVVI a vládou ČR. V případě přidělení účelových prostředků v nižší výši si Grantová agentura České republiky vyhrazuje právo poskytnutí podpory na některé níže uvedené grantové projekty omezit nebo podporu na některé tyto grantové projekty neposkytnout.
V pondělí 17. 6. 2019 nejvyšší představitelé GA ČR, FWF (Rakousko), NCN (Polsko) a ARRS (Slovinsko) slavnostně podepsali „CEUS – Central European Science Partnership“ Lead Agency Agreement: Memorandum of Understanding on the unilateral administration and mutual recognition of evaluation procedures“. Tato nová spolupráce umožní vědcům z České republiky, Rakouska, Polska a Slovinska realizovat vědecké projekty s novými zahraničními partnery na principu hodnocení Lead Agency, který patří z důvodu snížení administrativní zátěže ke stále častěji preferovaným formám spolupráce mezi zahraničními agenturami podporujícími základní výzkum. V rámci CEUS iniciativy na podporu základního výzkumu v regionu střední Evropy bude vědcům nově umožněno podávat bilaterální a také trilaterální návrhy projektů na principu LA.
Ve zkratce:
V první výzvě je možné podat bilaterální i trilaterální projekty.
Projekty jsou maximálně tříleté.
První návrhy projektů budou přijímány od 22. února 2020, kdy budou také oznámena podrobná pravidla.
V rámci bilaterálního i multilaterálního rámce pro LA spolupráci bude hlavní kritérium pro určení „Lead“ agentury stanoveno v mezinárodních memorandech. Hlavním kritériem je výše rozpočtu mezinárodního týmu, prostřednictvím kterého je návrh projektu podáván. Na základě tohoto „Lead“ kritéria si vědci sami určí národní LA agenturu, která provede hodnocení návrhu projektu.
Bilaterální projekty: u „Lead“ agentury musí být požadováno nejméně 40 % celkových nákladů projektu.
Trilaterální projekty: u „Lead“ agentury musí být požadováno nejméně 25 % celkových nákladů projektu.
Lead Agency je jediná agentura, která bude projekty hodnotit po vědecké stránce.
Partnerské agentury hodnotí formální a finanční část projektu svých národních navrhovatelů.
V případě, že se Lead Agency stane GA ČR, budou návrhy v souladu s uzavřenými partnerskými smlouvami o vzájemné spolupráci a v souladu s jednotlivými dohodami vzájemně uzavřenými mezi partnerskými organizacemi hodnoceny poradními orgány GA ČR tak, aby úroveň kvality návrhů LA projektů doporučených k financování nebyla nižší než úroveň kvality návrhů projektů doporučených k financování v rámci standardních projektů.
Anotované korpusy představují důležitý zdroj dat pro řadu úloh počítačové lingvistiky i počítačového zpracování přirozeného jazyka. Dnes už jsou k dispozici pro celou řadu jazyků, byť pro některé jazyky jen v malém množství. Bohužel tyto korpusy byly vyvíjeny mnoha různými týmy za rozdílných podmínek, případně i s odlišnými cíli. Vzájemně neslučitelná rozhodnutí učiněná při návrhu anotačních schémat velmi komplikují až znemožňují jakákoli mezijazyková srovnání nebo zpracování vícejazyčných dat. Tento problém se rozhodl vyřešit tým pod vedením RNDr. Daniela Zemana, Ph.D. V rámci projektu GA ČR „Morfologicky a syntakticky anotované korpusy mnoha jazyků“ se zaměřil 1) na zkoumání jevů zachycených v existujících korpusech pro desítky různých jazyků; 2) hledání univerzálně použitelné anotace pro jednotné zachycení všech těchto jevů a 3) posouzení vhodnosti alternativních závislostních struktur pro počítačové zpracování přirozených jazyků, zejména pro syntaktickou analýzu.
Když si laik přečte název projektu, příliš mu to neřekne – můžete popsat, o co v projektu šlo? Co jste chtěli zjistit?
Obor, ve kterém pracuji, se nazývá „počítačová lingvistika“. Jak už název napovídá, leží na pomezí jazykovědy a informačních technologií. Práce, které se věnoval náš tým, je důležitá jednak pro výzkum přirozených jazyků jako takových, tedy pro lingvistické bádání, a jednak pro návrh počítačových algoritmů, které pracují s textem v přirozeném jazyce a do určité míry mu „rozumí“. V obou případech je hlavním materiálem takzvaný korpus, tedy velké množství autentických jazykových dat, v našem případě hlavně textových, do kterých byly přidány lingvistické anotace, tedy například informace o základním tvaru slova, slovním druhu nebo o stavbě věty. Příprava korpusů je náročná činnost, takže jsou k dispozici jen pro malé množství jazyků. To v důsledku brzdí i nasazování jazykových technologií na nové jazyky. Kromě toho, a to byl hlavní předmět našeho zájmu, anotace nejsou nijak standardizované, takže existující korpusy se jeden od druhého velmi lišily v tom, jaké informace o jazyku z nich zjistíme a jak jsou tyto informace uspořádány. Nás tedy zajímalo, zda lze nalézt jeden systém, kterým by bylo možné popsat všechny jazyky světa, tak aby vynikly jejich podobnosti i rozdíly.
Jak práce na projektu probíhala?
Pro vnějšího pozorovatele bychom poskytovali dost nudný obraz. Člověk sedící u počítače, případně hledící do knihy nebo diskutující s jiným člověkem, nejčastěji ale to první. Při zpracování elektronických dat a při testování jazykových technologií jsme se neobešli bez programování, což pro členy řešitelského týmu nebyl problém. Pro mě osobně však bylo mnohem zajímavější zjistit, jak pestrá je škála prostředků, které používají různé světové jazyky ke komunikaci. Tady jsme museli leccos nastudovat z literatury – i když všichni zvládáme několik jazyků, záběr projektu byl mnohem širší. Poslední a nejdůležitější, chcete-li, „pracovní postup“ tedy spočíval v mezinárodní spolupráci. S kolegy ze zahraničí jsme zorganizovali celosvětovou síť výzkumníků, kteří stejně jako my chtěli dosáhnout jednotného popisu jazykového systému a aplikovat ho na co možná největší počet jazyků. Dnes máme data pro více než 80 jazyků, včetně některých vymřelých nebo relativně exotických, a to číslo nadále roste.
Proč jste se rozhodli pustit právě do tohoto tématu?
V oblasti strojového porozumění lidské řeči se dlouhou dobu dělaly pokusy pouze s angličtinou, což někdy vedlo k postupům, které příliš spoléhají na některá specifika tohoto jazyka. A každý Čech, který se učil anglicky, zná nejméně jeden jazyk, jehož specifika jsou dost odlišná – totiž svůj vlastní. My máme sedm pádů a o dost volnější slovosled, zato máme jen tři slovesné časy a nemáme členy. Mohli bychom tedy navrhovat metody, které budou optimalizované pro češtinu, mnohem zajímavější a efektivnější však je hledat obecný model jazyka, který nebude zvýhodňovat ani češtinu ani angličtinu a teprve z dat – tedy z korpusu – se naučí, jak který jazyk funguje. Jak jsem ale už zmínil, existující korpusy byly „každý pes jiná ves“ a pro většinu jazyků neexistovaly vůbec. S tím jsme se rozhodli něco udělat.
RNDr. Daniel Zeman, Ph.D. (uprostřed) při přebírání ocenění organizace META-NET za příspěvek k multilingvální informační společnosti v Evropě, Lisabon červen 2016.
Zdroj: archiv Daniela Zemana
Jaké metody jste použili?
Začínali jsme s korpusy, které už existovaly, a snažili jsme se jejich anotace sjednotit. Přitom jsme se museli poprat s tím, že lingvistická tradice a terminologie se v jednotlivých zemích liší. Když vám dejme tomu Bulhar řekne, že nějaké slovo je zájmeno, nemusí to ještě znamenat, že český ekvivalent toho slova bude zájmeno podle našich pravidel. Tohle byla asi největší výzva, která se v různých obměnách opakovala: podle čeho určím, že určitý jazykový jev je shodný s jevem v jiném jazyce, přestože je tradiční gramatiky těchto jazyků označují různými termíny? Na takové otázky neexistuje jedna exaktní odpověď, kterou by šlo „vypočítat“. Proto jsme opakovaně diskutovali s našimi zahraničními kolegy, znalci různých jazyků, zkoumali jsme lingvistickou literaturu i příklady v datech a tyto poznatky konfrontovali. Výsledkem je určitý kompromis, zažité národní termíny musely někdy ustoupit termínům převzatým z jiných jazyků.
Překvapilo vás něco v průběhu projektu?
Určitě jsme nepředvídali takovou míru mezinárodní spolupráce, netušili jsme, že se podaří vytvořit tak velkou komunitu. Když se rozkřiklo, že máme velkou sbírku jazyků anotovaných jednotným způsobem, vznikl jakýsi lavinový efekt. Sami se nám hlásí další lidé, kteří chtějí přispět. Přijde třeba e-mail od doktoranda v Norsku, který říká: „Pocházím ze Senegalu a všiml jsem si, že ještě nemáte data pro můj rodný jazyk, wolofštinu. Když mi poradíte, kde začít, rád bych vytvořil wolofský korpus.“ Tohle obohacuje obě strany. My se díky němu dozvíme o vlastnostech wolofštiny, které mimochodem zrovna dost vybočují z toho, co jsme doposud viděli u jiných jazyků. On má díky naší předchozí práci mnohem snadnější pozici, než kdyby začínal od nuly, protože může využít existující nástroje a postupy. A na digitální scénu se takhle dostávají jazyky, kterým bych před pěti lety nedával moc šancí.
Jak dlouho jste na projektu pracovali a kolik lidí se na něm podílelo?
Projekt oficiálně běžel tři roky, a ještě další rok jsem pracoval na knize, která shrnovala jeho výsledky. Celá ta myšlenka je ale starší, částečně jsme na ní pracovali už v době, kdy jsme poprvé žádali GA ČR o podporu, tedy o rok a půl dříve. Pokud jde o počet lidí, pražský tým měl tři členy, kteří na tomto projektu měli dohromady 1,1 úvazku. To je ale jen ta „účetní“ odpověď. Jak už jsem řekl, vtáhli jsme do děje spoustu dalších lidí, lingvistů, informatiků, profesorů i studentů ze všech koutů světa. Lidí, kteří tak či onak přispěli, je dnes více než 300.
V čem pro vás byla hlavní výzva?
Asi to, co už jsem zmínil výše: rozpoznat, že dva jevy v různých jazycích jsou si dostatečně podobné, abychom mohli mluvit o stejném jevu. Dohodnout se se znalci jiného jazyka na společné terminologii. A současně nezajít příliš daleko, aby to nakonec nevypadalo, že všechny jazyky jsou stejné, protože to rozhodně nejsou a ani pro lingvisty by takový materiál nebyl ničím zajímavý.
Jak finančně byl projekt náročný? Je těžké na podobné projekty získat finanční prostředky?
Celková podpora činila něco přes 3 milióny korun na 3 roky. Není to mnoho, počítačové vybavení už jsme měli, pokryli jsme tím část svých úvazků, odbornou literaturu a cesty na konference, kde jsme se mohli potkávat s kolegy ze zahraničí. Přesto získání grantu není úplně jednoduché, my jsme podávali návrh dva roky po sobě, a i když posudky byly už první rok velmi pozitivní, na financování jsme dosáhli až druhý rok. Konkurence je prostě veliká a není mnoho míst, kde lze o podporu takového projektu žádat. Mluvíme tu o základním výzkumu, kdybychom místo toho vyvíjeli produkt, který by se přímo prodával zákazníkům, asi by potenciálních zdrojů financí bylo víc.
Jak mohou být získané informace využity v praxi? Můžete uvést nějaké konkrétní příklady, které by to přiblížily laikovi?
Tak třeba kontrola gramatiky v textovém editoru. Aby vám počítač mohl vynadat, že „ženy přišli“ je špatně, nestačí mu slovník, protože obě ta slova existují a sama o sobě jsou v pořádku. Musí rozumět stavbě věty. A existují algoritmy, které ho to dokážou „naučit“ pomocí právě takových korpusů, na které jsme se zaměřili v našem projektu. Jiným příkladem je vyhledávání informací na internetu, a teď nemám na mysli pouze zadávání dotazů do vyhledávače, ale třeba bezpečnostní nebo finanční analytiky. Pokud se makléř doslechne, že saúdský princ upadl v nemilost, dost možná z toho vyvodí nějaký budoucí vliv na ceny ropy a přizpůsobí tomu své obchody. Pokud ale jeho počítač monitoruje arabský tisk, tuto informaci zachytí a zareaguje na ni v reálném čase, může pro dotyčného makléře realizovat obchody dříve, než podobné závěry udělá konkurence.
Podařilo se v projektu naplnit cíle, které jste si stanovil?
Řekl bych, že nejen naplnit, ale i výrazně překonat.
Jakou roli v projektu hrál GA ČR?
Významnou. Sice bychom se tomuto tématu asi snažili věnovat i bez cílené finanční podpory, ale musíme z něčeho živit rodiny, takže bychom pravděpodobně pracovali na něčem jiném a na tento projekt by zbývalo minimum času. Určitě bychom nebyli tam, kde jsme dnes.
Na čem dalším zajímavém nyní pracujete? Jaké další výzvy/mety máte před sebou?
I nadále pracuji s daty, která jsme v rámci zmiňovaného projektu sesbírali. Ale zatímco v projektu šlo především o gramatickou stavbu věty, teď se snažím jít více do hloubky a sledovat, jak se gramatika promítá do skutečného významu sdělení. Jeden jednoduchý příklad za všechny: když řeknu věty „Pes kousl mého syna“ a „Můj syn byl kousnut psem“, gramatika nám řekne, že podmět první věty je „pes“ a podmět druhé věty je „můj syn“. Jenže v obou případech to byl pes, kdo kousal, nikoli můj syn. Pokud mají stroje rozumět přirozenému jazyku, musí si poradit i s tímhle.
Grantová agentura České republiky v aplikaci pro podávání a správu grantových projektů zpřístupnila účastníkům veřejné soutěže na podporu grantových projektů EXPRO se začátkem řešení v roce 2020 hodnocení návrhů projektů.
Navrhovatelé naleznou hodnocení projektů po přihlášení do aplikace pro podávání a správu grantových projektů na adrese http://www.gris.cz.
Projekt má mimořádný přínos nejen pro oblast epigenetiky rostlin. Výsledky přesahují rovněž do oblasti humánní epigenetiky a klinické medicíny. Mimořádnou kvalitu výsledků projektu dokumentuje také skutečnost, že ze 14 publikací v časopisech s IF je 11 v 1. kvartilu příslušné kategorie, z toho pak 5 v 1. decilu. Taková je stručná charakteristika projektu Grantové agentury ČR Faktory genomové stability u mechu a vyšších rostlin. O detailech projektu jsme si povídali s jeho řešiteli prof. RNDr. Jiřím Fajkusem, CSc., z Přírodovědecké fakulty Masarykovy univerzity a RNDr. Karlem Angelisem, CSc., z Ústavu experimentální botaniky AV ČR.
Můžete popsat, co bylo hlavním cílem projektu, který jste společně řešili?
Karel Angelis (KA): Faktory znamenají v našem případě enzymy, podpůrné proteiny a mechanismy opravy DNA, které zajišťují „mechanickou“ neporušenost – stabilitu genomové DNA tak, aby mohla sloužit jako templát pro svoji replikaci a průchod buněčným cyklem.
Jiří Fajkus (JF): K poškození DNA dochází z řady různých vnějších i vnitřních příčin. Mezi nejrizikovější fyziologické procesy patří v tomto směru právě kopírování genetické informace, tedy replikace. Pro každý organismus, ať už jde o člověka nebo rostlinu, je důležité zachování jeho genetické informace bez potenciálně škodlivých mutací a ztrát. Opravu poškození genomu – tedy poškozené DNA v chromozomech – má v buňkách na starosti hned několik biochemických drah, tvořených zmíněnými faktory, které zajišťují rozpoznání poškození a jeho následnou opravu.
KA: Pro laika, jde o obdobu přetrženého magnetofonového pásku, který znovu slepíme tak, že ho lze znovu přehrát a v místě původního poškození můžeme slyšet nějaké to zapraskání.
JF: Ke ztrátě části genetické informace však může docházet také v důsledku neúplného kopírování konců chromozomů, tzv. telomer. Následné zkracování chromozomů může kompenzovat enzymový komplex zvaný telomeráza. Naopak činnost zmíněných opravných systémů je na telomerách blokována specifickými bílkovinami, aby nebyly přirozené konce chromozomů mylně pokládány za neopravené chromozomální zlomy. V projektu nám tedy šlo o objasnění vzájemných vztahů mezi opravnými mechanismy a regulací údržby telomer. Věnovali jsme se také úloze sestavování chromatinu ve stabilitě chromozomů, protože DNA ve všech základních fyziologických procesech, kam patří replikace, transkripce a rekombinace, nevystupuje jako čistá nukleová kyselina, nýbrž jako supramolekulární komplex s histony a dalšími makromolekulami – tedy to, čemu říkáme chromatin.
Mech je pro kometový test ideální I.
Proč jste se rozhodli v projektu zkoumat právě toto téma?
JF: Protože jde o téma závažné z hlediska zachování životaschopnosti buněk a organismů. Téma úzce spojené s problematikou stárnutí a patogeneze závažných onemocnění. Dále proto, že v uvedené problematice mají oba výzkumné týmy, zúčastněné na projektu, prokazatelnou expertízu. Zkušenosti a orientace v dané problematice umožňují nejen zacílit výzkum na skutečně aktuální otázky, ale je to také významné hledisko při posuzování, zda je projekt vhodný k financování
Jak projekt probíhal? Jaké metody jste použili?
KA: Pracovali jsme v laboratořích a v kancelářích na počítačích. Rostliny – v našem případě huseníček (Arabidopsis thaliana) a mech (Physcomitrella patens) pěstujeme v růstových komorách za přesně kontrolovaných podmínek. Specifikem naší laboratoře je detekce přímého poškození DNA oproti většinovému studiu doprovodných dějů, které jsou snáze měřitelné. V posledních letech výlučně používáme tzv. kometový test, pro který je po metodické stránce mech (Physcomitrella patens) téměř ideální objekt.
JF: V naší části projektu jsme používali metody stanovení aktivity a exprese telomerázy, měření délky telomer nebo třeba stanovení počtu kopií genů pro ribozomální RNA (rDNA), a to jednak pomocí kvantitativní polymerázová řetězová reakce, jednak analýzou genomických dat. Používali jsme ale také např. fluorescenční mikroskopii, která umožnila potvrdit a vizualizovat tzv. vázané uspořádání 5S a 45S rDNA lokusů.
Obrázek standardních a mutantních rostlin Arabidopsis thaliana v květináčcích
Překvapilo Vás něco v průběhu projektu? Bylo tam něco, co jste nečekali?
KA: To by bylo špatné. Profesor B. Strauss, u kterého jsem byl na postdoktoranském pobytu na Chicagské universitě, vždy říkal „nemám rád neočekávané výsledky, neboť to ukazuje, že pokus nebyl náležitě promyšlen“. A tímto doporučením se snažím řídit. Na základě předchozích zjištění se výsledky, byť nové, daly předvídat.
JF: Pracovní hypotézy a experimenty by měly být nastaveny tak, aby potvrdily nebo vyvrátily předvídatelné varianty možných řešení. Překvapení ale mohou být různého typu. Obecně vzato, není dobré, když vás během řešení projektu „překvapí“, že dosud fungující metoda fungovat přestala a vy nevíte proč, i když i to se stává. Naštěstí se ale konala i jiná překvapení. Je třeba říci, že pokud by se výsledky daly předem dobře odhadnout, nebyla by ta práce ani zajímavá a je otázkou, zda by ji mělo smysl financovat jako základní výzkum. Je pochopitelné, že dobrý odhad možných variant výsledku umožní lépe navrhnout pokus a ušetřit čas i peníze. Ale v základním výzkumu jsou překvapení spíše pravidlem a každopádně významnou motivací pro lidi, kteří se mu věnují.
Jaká konkrétní „překvapení“ byla v rámci vašeho projektu?
JF: Ukázalo se například, že ztráta funkce proteinu RTEL1, který je důležitým negativním regulátorem oprav prostřednictvím tzv. homologní rekombinace a umí odstraňovat různé neobvyklé struktury na DNA, má pro údržbu telomer velmi podobné důsledky u mechu jako u člověka, kde způsobuje velmi závažné vrozené onemocnění. Tento projev je ale velmi odlišný od toho, co bylo pozorováno u nejznámější modelové rostliny Arabidopsis thaliana. Jinak řečeno, dvě modelové rostliny se v tomto ohledu liší víc, než mech a člověk. Takže tohle trochu překvapivé zjištění jen znovu ukazuje, proč je nezbytné pracovat paralelně na více modelových systémech, pokud chceme výsledky zobecňovat. Nebo jiný příklad: v rámci studia sestavování funkčního komplexu rostlinné telomerázy jsme zjistili, že se tohoto procesu v Arabidopsis účastní podobné proteiny jako u člověka – rostlinné homology proteinů pontin a reptin. Jejich interakce s telomerázou však nejsou na rozdíl od situace u člověka a dalších savců přímé, nýbrž jsou zprostředkovány tzv. TRB proteiny, které jinde než u rostlin nebyly nalezeny. Proces sestavování telomerázy u rostlin je tedy odlišný a jinak regulovaný, ačkoli většina zúčastněných „hráčů“ je stejná.
Mech je pro kometový test ideální II.
Jak dlouho jste na projektu pracovali a kolik lidí se na něm podílelo?
JF: Projekt trval jakožto standardní projekt GA ČR tři roky. Je ale třeba současně dodat, že vstupní poznatky a rostlinný materiál, zejména některé mutantní linie mechu a Arabidopsis, jsme měli k dispozici již z předchozího projektu GA ČR, který jsme řešili rovněž ve spolupráci s týmem Karla Angelise. Specifikovat počty zúčastněných lidí není úplně snadné, i když formálně to lze vyčíst z každoročních zpráv o řešení projektu s přesností na desetiny úvazku. V našem týmu šlo průběžně o 6 pracovníků s pracovní kapacitou 0,2-0,7 úvazku, a v týmu K. Angelise o 4 osoby. Projektu se účastnili ve značné míře také studenti a stážující postdoktorandi. Tím pádem se během tří let trvání postupně měnilo i složení týmů, zejména v týmu z Masarykovy univerzity.
V čem pro vás byla hlavní výzva? Co jste, abyste se dopracovali k cíli, museli překonat?
KA: V některých chvílích bylo největší výzvou zbavit se kontaminace a rozpěstovat nové kultury mechu.
JF: O překvapeních, kdy nějaká metoda přestane fungovat, už tu byla řeč. V našem případě se to stalo u obyčejné polymerázové řetězové reakce, pomocí které jsme chtěli získat mezerník mezi kódujícími oblastmi pro 5S rDNA a 45S rDNA u mechu. Nakonec se to s nějakými přísadami jakžtakž povedlo. Následně se ukázalo, že potíže pramenily z toho, že v mezerníku je oblast tvorby velmi stabilních čtyř- řetězcových struktur DNA, které možná působí jako regulační faktor. Tyto tzv. G4 struktury umí totiž zmíněný protein RTEL1 rozplétat, a když k tomu nedojde, zablokují kopírování nebo přepis DNA. Jsou tedy i pravděpodobnou příčinou ztrát části kopií rDNA, kterou jsme u příslušných mutantů pozorovali. Takže ty problémy se nakonec ukázaly jako docela užitečné pro pochopení našeho problému.
Jak mohou být získané informace využity v praxi? Můžete uvést nějaké konkrétní příklady, které by to přiblížily laikovi?
JF: Projekt přinesl řadu nových informací o funkci bílkovin RAD51 a RTEL1, o sestavování komplexu telomerázy nebo o významu komplexu CAF1 (Chromatin Assembly Factor-1), který nově syntetizovanou DNA sbaluje s komplexy bílkovin zvaných histony do struktury chromatinu. To všechno jsou faktory, které najdeme napříč všemi říšemi organismů, včetně člověka, a které hrají významnou úlohu v udržování stability jejich genomů. Vyvážená funkce těchto faktorů je nezbytná pro normální život a růst organismů, naopak jejich poruchy vedou k hromadění poškození genomu, které vedou např. u člověka ke vzniku závažných onemocnění a jsou i jednou z příčin stárnutí. Jako projekt základního výzkumu neměl náš projekt za cíl přímou aplikaci těchto poznatků. Je však zřejmé, že lepší znalost významu a funkce těchto faktorů umožňuje zabývat se např. vývojem potenciálních léčiv, která činnost těchto faktorů podpoří v normálních buňkách, zatímco inhibice jejich funkce třeba v buňkách nádorových naopak usnadní jejich usmrcení. Nebo lze uvažovat o vývoji odrůd zemědělských plodin lépe vybavených proti mutagenním vlivům prostředí, a ty pak budou díky zvýšené ochraně genomu proti poškození životaschopné i za stresových podmínek.
Rostlinky Arabidopsis na Petriho misce
Podařilo se v projektu naplnit cíle, které jste si stanovili?
JF/KA: Ano.
Jakou roli v projektu hrál GA ČR?
KA: Zásadní, instituce standardních grantů je stimulujícím prvkem studia dílčích témat, který z podstaty brání tomu, aby se řešitel stal pasivní. Podporuje tvůrčí, manažérskou i finanční zdatnost navrhovatele/spolunavrhovatele.
JF: Kromě toho, že role GA ČR je, zejména vzhledem k velmi nízkému institucionálnímu financování výzkumu v ČR, pro základní výzkum naprosto zásadní, velmi oceňuji, že se GA ČR poměrně úspěšně brání tendencím k nadměrné byrokratizaci. V posledních několika letech se dokonce daří odstraňovat některé dříve zavedené administrativní komplikace a omezení, takže příprava projektu a jeho management představují v porovnání s ostatními projektovými schématy únosné břemeno jak pro vědce, tak pro jejich instituce.
Oro-faryngeální rozhraní ve vývoji úst obratlovců. Takové bylo téma projektu Mgr. Roberta Černého, Ph.D. z Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy. Jeho týmu se během řešení projektu podařilo objevit a v embryonálním vývoji paprskoploutvých ryb zdokumentovat tzv. před-ústní střevo. Tato enigmatická struktura se klasiky oboru očekávala u našich společných předků, ale nebyla dosud nalezena u žádného současně žijícího obratlovce.
„Bichiři, jeseteři a kostlíni, které jsme studovali, si tento archaický znak uchovali v raném vývoji svých unikátních larev, které ostatní linie obratlovců ztratili v dávné evoluci v souvislosti se zvětšováním množství zásobního žloutku ve svých vajíčkách,“ vysvětluje Robert Černý. „Klíčové zjištění našeho projektu je, že před-ústní střevo není jen u těchto třech druhů ryb, ale mají je v redukované formě všichni ostatní obratlovci. Objevuje se tam ale pouze v krátkém čase ve velice raném embryonálním vývoji a bylo dosud zaměňováno za něco jiného a nám se ho podařilo objevit.“
Mgr. Robertu Černému, Ph.D. gratuluje místopředsedkyně GA ČR
Na počátku projektu byla kniha Johna Samuela Budgeta, kterou Robert Černý náhodou objevil. Její autor byl prvním zoologem, který před 100 lety získal embryonální materiál bichirů. V té knize je první náhled toho, že embrya těchto afrických ryb mají jakési před-ústní střevo. „To mi u obratlovců připadalo tak šílené, že jsem se rozhodl, že tyto ryby musíme sehnat a výzkum zopakovat a podívat se, zda tomu tak skutečně je. A podařilo se. Některé skupiny dnešních rybovitých obratlovců jsou tak vývojově mnohem archaičtější, než jsme si dosud mysleli,“ říká Robert Černý.
Zkoumané druhy ryb mají během raného embryonálního vývoje střevo, které existuje za ústy, vyhrne se ven a vytváří tam určité struktury. U dvou ze třech skupin ryb vytváří tzv. podivuhodné cementové nebo přísavné orgány. U třetí skupiny tvoří toto střevo pokryv jejich budoucí hlavy. Vědci objevili, že buňky střeva vnitřního zárodečného listu, které se u žádného z obratlovců nenacházejí na povrchu hlavy, mají právě zkoumané druhy ryb.
Mgr. Robert Černý, Ph.D. na předávání cen předsedkyně GA ČR
Studované druhy ryb představují jedinečný evolučně-vývojový model. Práce, publikovaná v časopise Nature, navíc prokázala, že tato embryonální doména představuje dosud netušený příspěvek buněk vnitřního zárodečného listu (entodermu) do povrchu hlavy. Se svým výzkumem přispěl Robert Černý ke zlomu ve vnímání evoluce obratlovců, když u některých druhů bazálních ryb objevil strukturu před-ústního střeva. V následujících výzkumech se doktor Černý chce zaměřit na otestování funkcí této embryonální domény a důležitosti pro evoluci obratlovců.
Abychom poskytli co nejlepší služby, používáme k ukládání a/nebo přístupu k informacím o zařízení, technologie jako jsou soubory cookies. Souhlas s těmito technologiemi nám umožní zpracovávat údaje, jako je chování při procházení nebo jedinečná ID na tomto webu. Nesouhlas nebo odvolání souhlasu může nepříznivě ovlivnit určité vlastnosti a funkce.
Funkční
Vždy aktivní
Technické uložení nebo přístup je nezbytně nutný pro legitimní účel umožnění použití konkrétní služby, kterou si odběratel nebo uživatel výslovně vyžádal, nebo pouze za účelem provedení přenosu sdělení prostřednictvím sítě elektronických komunikací.
Předvolby
Technické uložení nebo přístup je nezbytný pro legitimní účel ukládání preferencí, které nejsou požadovány odběratelem nebo uživatelem.
Statistiky
Technické uložení nebo přístup, který se používá výhradně pro statistické účely.Technické uložení nebo přístup, který se používá výhradně pro anonymní statistické účely. Bez předvolání, dobrovolného plnění ze strany vašeho Poskytovatele internetových služeb nebo dalších záznamů od třetí strany nelze informace, uložené nebo získané pouze pro tento účel, obvykle použít k vaší identifikaci.
Marketing
Technické uložení nebo přístup je nutný k vytvoření uživatelských profilů za účelem zasílání reklamy nebo sledování uživatele na webových stránkách nebo několika webových stránkách pro podobné marketingové účely.
