Co je vír?

Vírové struktury, stručněji víry, nás v běžném životě doslova obklopují, i když je zpravidla vůbec nevnímáme. Dokonce i v případě jejich dynamických účinků, které na nás působí, je mnohdy nevnímáme jako víry, pokud nejsou dobře viditelné. Nemůžeme ani vyloučit jejich přítomnost v naší dýchací nebo srdečně-cévní soustavě.

Řada vírů bezprostředně souvisí s vlastní lidskou činností, technikou a technologickými procesy a zařízeními –  počínaje víry vznikajícími v úplavu nejrůznějších dopravních prostředků, výškových budov a konstrukcí a konče například procesy míchání a vírovými separátory.

Na příkladu tornáda je vidět, že víry hrají významnou roli při makroskopickém transportu hmoty, hybnosti a energie. Z toho plyne základní motivace k jejich výzkumu. Patří nepochybně k nejcharakterističtějším dynamickým strukturám proudění, proto jsou někdy přirovnávány k jeho „šlachám a svalům”. Víry jsou tedy v proudění tekutin zásadní. Ale co vlastně jsou a jak je definovat?

Vírové struktury vznikající v rámci nestacionárního proudění (zpravidla se jedná o proudění turbulentní nebo přechodové do turbulence) jsou doslova schopny „svého vlastního života”: svého vzniku a růstu, interakce s ostatními strukturami proudění, především s dalšími vírovými strukturami, interakce se stěnou či tělesy a konstrukcemi, a konečně podléhají vlastnímu rozpadu, nemají-li ke svému životu dostatečný přísun energie. Jejich rozměry se pohybují od neuvěřitelných několika ångströmů (10-10 m) v supratekutém héliu do rozměrů spirálních galaxií vyjádřených ve světelných letech.

V souvislosti s vírovými strukturami vzniká celá řada zajímavých otázek, a je tudíž s podivem, že vyčerpávající odpověď, byť intuitivně zřejmá, na tu nejzákladnější otázku „Co je vír?” se hledá již více než tři desítky let. Skutečná exaktní matematicko-fyzikální odpověď, tedy vlastní definice víru, respektive identifikace víru, je stále předmětem živé diskuse v odborné literatuře. Je přitom nesporné, že vzhledem k obrovské rozmanitosti proudění vírového charakteru jsou univerzální a fyzikálně dobře opodstatněné nástroje, tedy identifikační metody a kriteriální veličiny sloužící ke stanovení vírových struktur v proudění, nanejvýš potřebné a užitečné. Výše uvedenou otázkou „Co je vír?” se zabývali v nedávném úspěšném projektu „Pokročilá analýza proudových polí” také vědečtí pracovníci dvou spolupracujících akademických ústavů z AV ČR, Ústavu pro hydrodynamiku (ÚH AV ČR) a Matematického ústavu (MÚ AV ČR), pod vedením dvou původem strojních inženýrů, Ing. Václava Koláře, CSc., (ÚH AV ČR) a Ing. Jakuba Šístka, Ph.D. (MÚ AV ČR)

Prvním vážným problémem vírové identifikace je, že standardní intuitivní míry selhávají. Konkrétně uveďme několik takových typických charakteristik: (1) uzavřené nebo spirální proudnice (popř. trajektorie částic) nejsou bohužel galileovsky invariantní (tj. invariantní vůči rovnoměrné přímočaré translaci pozorovatele), (2) vířivost, tj. galileovsky invariantní průměrná úhlová rychlost elementu tekutiny, není schopna rozlišit mezi smykovým a skutečně rotačním pohybem ve víru, (3) lokální minimum tlaku obecně negarantuje existenci víru. Tyto skutečnosti motivovaly vznik celé řady poněkud sofistikovanějších metod, které můžeme zhruba dělit na kinematické a dynamické (podle výchozího popisu), dále na lokální (postačí znalost dat v daném bodě, např. znalost rychlostního gradientu) a nelokální (k vyhodnocení je nutná znalost informace ve více bodech současně), a konečně na metody regionální (popisující objemovou oblast víru) a metody čárové (popisující centrální osovou křivku víru neboli jeho centrální skeleton sestávající z bodů, kde je vírový pohyb v příčném řezu nejintenzivnější).
 


Nestlačitelné proudění okolo nakloněné desky s úhlem náběhu 30° pro Reynoldsovo číslo Re=300 a Re=1200, a okolo rotujícího křídla octomilky pro Re=500. Vizualizace vírů pomocí metod (zleva doprava) λ2, Q, průměrné korotace a trojné dekompozice.
Obrázek 1 – Nestlačitelné proudění okolo nakloněné desky s úhlem náběhu 30° pro Reynoldsovo číslo Re=300 a Re=1200, a okolo rotujícího křídla octomilky pro Re=500. Vizualizace vírů pomocí metod (zleva doprava) λ2, Q, průměrné korotace a trojné dekompozice.

Na identifikační metody se klade celá řada obecných požadavků, které zatím žádná metoda nesplňuje jako celek, a proto se také žádná z metod zatím nestala z fyzikálního hlediska jednoznačnou primární volbou. Z praktického hlediska lze některé metody, zejména některé lokální regionální metody, které jsou rychlé na vyhodnocení, považovat za rozšířené a populární. Obecné požadavky na identifikační metody zahrnují:

  • platnost pro stlačitelné toky a toky s proměnlivou hustotou
  • stanovení lokální intenzity rotačního pohybu
  • stanovení orientace otáčení
  • stanovení integrální síly víru
  • identifikace osy víru
  • specifické požadavky na osu víru: existence a jednoznačnost pro každou spojitou oblast víru
  • stanovení hranice víru (fyzikální kritérium vs. práh kriteriální veličiny)
  • orbitální kompaktnost (omezená separace hmotných bodů při pohybu ve víru) vs. neomezené axiální napínání víru
  • popis nelokálních vlastností víru korelačního charakteru
  • nezávislost identifikačních výsledků na translaci a rotaci referenčního systému

Ukázky identifikace vírů pomocí dvou velmi oblíbených metod a jejich porovnání se dvěma metodami vyvinutými V. Kolářem a J. Šístkem jsou na Obrázku 1. Ukázka společného zobrazení oblastí vírů a jejich pomyslného protipólu, tedy oblastí s výraznou deformací, je na Obrázku 2.

„V projektu Pokročilá analýza proudových polí jsme se mimo jiné zaměřili na kritické zkoumání vlastností nedávno navržené a mimořádně citované metody z roku 2018, definující jistou lokální veličinu v anglosaské literatuře nazývanou vortex vector nebo Rortex, v čínské literatuře zpravidla pod názvem Liutex. Jejím hlavním přínosem je její vektorový charakter. Projekt myšlenkově navazoval na zásadní práce Václava Koláře, kdy okolo roku 2007 navrhl metodu trojné dekompozice tenzoru rychlostního gradientu na část rotační, smykovou a elongační. Tato metoda stále budí značnou pozornost a je základem pro další metody vyvíjené jak v rámci tohoto projektu, tak i na řadě pracovišť ve světě. Rovněž metoda Rortex převzala některé základní rysy z dřívějších metod vyvinutých na Ústavu pro hydrodynamiku a Matematickém ústavu AV ČR,uvádí důležité souvislosti Jakub Šístek.

Kritická analýza Rortexu ukázala, že jako vírovou strukturu tato metoda identifikuje i strukturu s neomezeným radiálním či axiálním napínáním. Toto zjištění bylo nejprve publikováno v časopise AIP Advances a následně uvedeno v širších souvislostech v prestižním časopise Physics of Fluids. Bylo zejména poukázáno na důsledky nesplnění orbitální kompaktnosti vedoucí na tzv. „disappearing vortex problem“, tedy problém s nespojitým chováním vírové identifikace.

 


Zobrazení vírů (vlevo), zón s vysokou mírou deformace (vpravo) a jejich společné duální zobrazení (uprostřed) pro případ interakce Burgersových vírů pro Machovo číslo Ma=0,8.
Obrázek 2 – Zobrazení vírů (vlevo), zón s vysokou mírou deformace (vpravo) a jejich společné duální zobrazení (uprostřed) pro případ interakce Burgersových vírů pro Machovo číslo Ma=0,8.

Pro účely otestování nově vyvinutých identifikačních metod bylo potřeba provést řadu rozsáhlých simulací trojrozměrných úloh proudění. V těchto numerických experimentech se jednalo o řešení základních bilančních rovnic proudění, tedy Navierových-Stokesových rovnic. Za tím účelem tým okolo J. Šístka z MÚ AV ČR vylepšil metody rozkladu oblasti a provedl vysoce paralelní výpočty na počítači Salomon, největším paralelním superpočítači centra IT4Innovations v Ostravě.

V rámci projektu vznikla celá řada publikací včetně dvou monografií o numerických metodách. Projekt pomohl rozvíjet i open-source software. Jedná se především o softwarovou knihovnu Vortex Analysis Library (VALIB), do které byly všechny vyvinuté metody pro identifikaci vírů naprogramovány, a jsou tak k dispozici celosvětové komunitě. Druhým softwarem, který využívá výsledky projektu, je knihovna BDDCML řešící soustavy lineárních rovnic pomocí víceúrovňových metod rozkladu oblasti, a jejíž vývoj probíhá v Matematickém ústavu AV ČR již více než deset let.

Projekt se zabýval i dalšími neméně významnými tématy, například Z. Skalák zkoumal kvalitativní vlastnosti řešení Navierových-Stokesových rovnic a M. Křížek zkoumal geometrické vlastnosti výpočetních sítí využívaných v numerických simulacích.

 

Václav Kolář

Václav Kolář je absolventem strojní fakulty ČVUT v Praze a od roku 1979 pracovníkem Ústavu pro hydrodynamiku AV ČR. V roce 1991 dokončil dlouhodobý postdoktorální pobyt (stipendium Nadace Alexandera von Humboldta, 17 měs.) na technické univerzitě v německém Karlsruhe (Institut für Hydromechanik). Nejprve se zajímal hlavně o laminární a turbulentní smyková proudění, zejména tryskové proudy a úplavy. Opakovaně absolvoval kratší studijní pobyty v Anglii, Indii a Japonsku. Byl řešitelem řady grantových projektů (GA AV ČR a GA ČR). Autorský tým ÚH, ve složení Ing. Václav Kolář, CSc., a doc. RNDr. Zdeněk Skalák, CSc., obdržel cenu Akademie věd ČR za zvláště úspěšné řešení programových a grantových projektů za rok 2008. Od roku 2003 do současnosti je editorem pro mechaniku tekutin v časopise Open Physics (De Gruyter), dříve Central European Journal of Physics. Více než deset let se zabývá analýzou proudových polí, zejména identifikací vírových struktur. U velkých badatelů obdivuje vedle nadání hlavně nezlomnou houževnatost a někdy až neuvěřitelnou odvahu.

 

 

Jakub Šístek

Jakub Šístek získal titul Ph.D. na Fakultě strojní ČVUT v Praze. Od roku 2009 pracuje v Matematickém ústavu AV ČR. Jako postdok také pracoval v USA na University of Colorado Denver a ve Velké Británii na University of Cambridge a University of Manchester. Několik měsíců strávil v superpočítačových centrech v Edinburghu a v Bologni. Za svou doktorskou práci získal v roce 2009 Cenu Prof. Babušky a Cenu Zvoníčkovy nadace a v roce 2013 získal od AV ČR Prémii Otty Wichterleho. Jeho hlavním zájmem jsou algoritmy numerické matematiky šité na míru výkonným paralelním superpočítačům. Tyto metody aplikuje převážně v oblasti proudění tekutin a při analýze proudových polí. Podílel se jako člen týmu na několika mezinárodních a národních projektech a byl spoluřešitelem dvou standardních projektů GA ČR. Je spoluautorem softwarových projektů VALIB, BDDCML a PLASMA. Od roku 2020 se podílí na výuce matematiky na Fakultě informačních technologií ČVUT v Praze. K jeho dalším zájmům patří rodina, sport a cestování.

Prestižní projekty JUNIOR STAR: Představujeme unikátní výzkumy začínajících excelentních vědců

Granty JUNIOR STAR mají za cíl umožnit excelentním začínajícím badatelům se vědecky osamostatnit, tedy začít se zaměřovat na vlastní výzkumné téma, a případně založit i novou vědeckou skupinu. Soutěž je vysoce výběrová a uspějí v ní jen vědci, kteří nejen předloží kvalitní projekt, ale také již dosáhli významných badatelských úspěchů. Granty mají nadstandardní míru podpory (až 25 milionů Kč) a délku řešení (5 let). Letos začaly být poprvé řešeny projekty vzešlé z této soutěže. Další nadějní vědci získají podporu od příštího roku – vybrané projekty byly oznámeny již na začátku listopadu.

S vybranými projekty, jejichž řešení začalo letos, se můžete seznámit v tomto – již čtvrtém – dílu seriálu o projektech JUNIOR STAR.

MOLEKULÁRNÍ MECHANISMY NAVÁDĚNÍ AXONU

Mgr. Daniel Rozbeský, Ph.D., BIOCEV

„Cílem podpořeného projektu je objasnit fungování mechanismů navádění nervových buněk v mozku člověka, a přinést tak nové důležité poznatky o jejich komunikaci, které mohou pomoci při léčbě závažných nemocí.“

V lidském mozku se nachází téměř 100 miliard nervových buněk, neuronů, které jsou základní nervovou jednotkou tkáně. Můžeme si je představit jako strom – z jeho koruny se rozvětvují četné výběžky, jejichž funkcí je přivádět do neuronu informace v podobě signálů, které vyvolávají nervový vzruch. Část neuronu, kterým se zabývá projekt Daniela Rozbeského, se nazývá axon. Právě axonem se nervový vzruch šíří až na samotný konec neuronu připomínajícího kořeny.
Každý z nás má v mozku 100 biliónů neuronových kontaktů, které definují jeho intelekt, paměť, emoce, řeč, nebo smyslové vnímaní. Daniel Rozbeský se snaží s týmem v BIOCEVU zjistit na úrovni atomů, jak takovéto velké množství kontaktů mezi nervovými buňkami vzniká.

„Zkoumáme, jakým způsobem mění výběžky nervových buněk směr a jak vědí, kdy je potřeba zahnout vlevo nebo vpravo. Molekuly, které studujeme, hrají důležitou roli v některých formách epilepsie, autismu a neurodegenerativních a nádorových onemocnění. Existuje tedy možnost, že by výsledky našeho výzkumného projektu JUNIOR STAR mohly přispět k lepšímu pochopení mechanismů těchto závažných nemocí, a pomoci tak k jejich léčbě,“ říká slovenský biochemik Daniel Rozbeský, kterého téma výzkumu napadlo během jeho sedmiletého postdoktorského pobytu na Oxfordské univerzitě. Po studiu se rozhodl vrátit zpět do České republiky, kde původně studoval na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy, a založit vědeckou skupinu působící v Biotechnologickém a biomedicínském centru Akademie věd a Univerzity Karlovy BIOCEV ve Vestci.


Mgr. Daniel Rozbeský, Ph.D.
Mgr. Daniel Rozbeský, Ph.D.

HYDRODYNAMICKÉ INTERAKCE PLANET S PROTOPLANETÁRNÍMI DISKY A PŮVOD TĚSNÝCH EXOPLANETÁRNÍCH SOUSTAV

RNDr. Ondřej Chrenko, Ph.D., Matematicko-fyzikální fakulta Univerzity Karlovy

„Snažíme se porozumět procesům, které vedly ke zrodu exoplanet nízkých hmotností obíhajících v těsné blízkosti mateřských hvězd.“

Projekt JUNIOR STAR Ondřeje Chrenka se zabývá vznikem planetárních soustav. Planety vznikají v tzv. protoplanetárních discích, což jsou oblaky plynu a prachu ve vesmíru, které rotují kolem vznikající nebo právě zformované hvězdy. Během této vývojové fáze se planety a disk vzájemně gravitačně ovlivňují a planety pak mohou migrovat, tedy přibližovat se ke své mateřské hvězdě nebo se od ní vzdalovat. Samotný průběh migrace planet tedy přímo určuje, jaké bude po rozplynutí disku výsledné uspořádání planetárních oběžných drah. Z protoplanetárního disku vznikla před 4,56 miliardami let rovněž sluneční soustava, ve které se nachází planeta Země.

„Pro výzkum používám simulace na superpočítačích, s jejichž pomocí modeluji proudění a energetické procesy v plynném disku s vnořenými planetami. Mým cílem je popsat fyzikální procesy, které jsou určující pro průběh migrace planet,“ říká astronom Ondřej Chrenko působící na Matematicko-fyzikální fakultě Univerzity Karlovy a dodává: „Téma výzkumu, kterým se zabývám, nemá na vědeckých institucích v České republice příliš široké zastoupení, takže je potřeba spojit se s velkými zahraničními výzkumnými skupinami věnujícími se dlouhodobě tomuto tématu. Proto si cením toho, že mi grant Junior Star umožní realizovat stáže na zahraničních pracovištích, a rozvíjet tak mezinárodní spolupráci, která nepochybně zvýší kvalitu výsledků projektu.“

Projekt si klade za cíl objasnit původ některých soustav exoplanet, které jsou pozorovány v naší galaxii, zejména se zaměří na početnou skupinu exoplanet nízkých hmotností (tzv. superzemě a minineptuny) obíhajících v těsné blízkosti svých mateřských hvězd. Výsledky výzkumu přispějí k pochopení podmínek, za kterých exoplanety doputovaly na těsné oběžné dráhy v důsledku migrace. Porozumění migraci je důležité rovněž v souvislosti s otázkou, zda na pozorovaných exoplanetách mohly krátce po jejich vzniku panovat podmínky potřebné pro vznik života.


RNDr. Ondřej Chrenko, Ph.D.
RNDr. Ondřej Chrenko, Ph.D.

LEWISOVY KYSELINY A FRUSTROVANÉ LEWISOVY PÁRY PRO REDUKČNĚ KONDENZAČNÍ REAKCE OXIDU UHLIČITÉHO S AMINY

Mgr. Martin Hulla, Ph.D., Přírodovědecká fakulta Univerzity Karlovy

„Projekt hledá možnosti využití oxidu uhličitého s cílem zmírnit nežádoucí dopad chemického průmyslu na životní prostředí, a usiluje tak o rozvoj udržitelné chemie.“

Chemický průmysl, založený na využívání fosilních zdrojů, poškozuje životní prostředí a prohlubuje naši závislost na neobnovitelných zdrojích energie. Podpořený projekt JUNIOR STAR má potenciál tuto závislost snížit. Zkoumá totiž recyklaci chemického odpadu – oxidu uhličitého, který produkuje zejména průmysl a obchod. Oxid uhličitý se uvolňuje do ovzduší při každém spalování, což vede k jeho značnému nárustu v atmosféře, a tím ke změně klimatu. Oxid uhličitý je však možné využít v chemickém průmyslu jako zdraví neškodný zdroj uhlíku, a tím pomoci snížit emise.

Cílem projektu Martina Hully je narušit chemické vazby oxidu uhličitého tak, aby byl dále komerčně využitelný a bylo díky tomu možné nahradit nebezpečné látky v průmyslu.

„Syntetická chemie je trochu jako hra s legem, kde oxid uhličitý představuje kus stavebnice o třech dílech – dva atomy kyslíku a jeden atom uhlíku. Oxid uhličitý je částečně využitelný k přípravě jakékoliv chemikálie obsahující alespoň jeden z těchto tří atomů. My se soustředíme na přípravu látek s primárním využitím ve farmakologickém a agrochemickém průmyslu, kde by oxid uhličitý mohl nahradit řadu velmi jedovatých látek, jako je například formaldehyd. V rámci výzkumu se proto snažíme vyvinout katalyzátory, tedy látky, které by chemické reakce urychlily,“ přibližuje projekt Martin Hulla z Přírodovědecké fakulty Univerzity Karlovy. Má za sebou již několik vědeckých úspěchů. V Oxfordu spolupracoval na přeměně bioodpadu na letecké palivo a v Cambridge se podílel na výzkumu ohebných obrazovek do mobilů a televizí, ve Švýcarsku zase na přeměně plastového odpadu na chemické zdroje. Poslední zmiňovaný výzkum měl blízko k předmětu jeho současného projektu JUNIOR STAR – recyklaci oxidu uhličitého.


Mgr. Martin Hulla
Mgr. Martin Hulla, Ph.D.

 

Do čela GA ČR byl jmenován doc. RNDr. Petr Baldrian, Ph.D.

Vláda jmenovala do funkce předsedy Grantové agentury České republiky (GA ČR) doc. RNDr. Petra Baldriana, Ph.D. Současně se stal členem předsednictva prof. MUDr. Mgr. Milan Jirsa, CSc., který bude mít na starost lékařské a biologické vědy.

„Je mi ctí, že mohu navázat na dobrou práci paní doktorky Alice Valkárové a pana profesora Jaroslava Koči. Jako jeden z členů předsednictva jsem se podílel na aktuálním nastavení grantového prostředí, které zahrnuje zejména nové grantové příležitosti pro začínající vědce a financování excelentních projektů s potenciálem přinést průlom ve své oblasti. Do budoucna plánuji zaměřit činnost Grantové agentury ČR obzvláště na další rozvoj mezinárodní spolupráce a finalizovat přípravy nového typu grantové soutěže, která nám umožní bezprostředně reagovat na aktuální celospolečenské výzvy, jako byla například pandemie nemoci covid-19,“ shrnuje své plány docent Petr Baldrian.

Pozice předsedy GA ČR a člena předsednictva pro lékařské a biologické vědy zůstala neobsazená od začátku července, kdy nenadále zemřel prof. Jaroslav Koča, který tyto pozice zastával. Vláda jmenovala Petra Baldriana a Milana Jirsu na návrh Rady pro výzkum, vývoj a inovace.

Petr Baldrian je členem předsednictva GA ČR za zemědělské a biologicko-environmentální vědy od ledna 2017. V současné době je také vedoucím Laboratoře environmentální mikrobiologie v Mikrobiologickém ústavu Akademie věd ČR. Milan Jirsa působí v IKEM a na 1. lékařské fakultě Univerzity Karlovy. Má zkušenosti také z hodnoticích panelů GA ČR, které mimo jiné posuzují návrhy projektů k financování.

O předsednictvu GA ČR

Předsednictvo GA ČR je jmenováno vládou ČR na návrh Rady pro výzkum, vývoj a inovace. Je složeno z pěti členů, kteří zastupují pět základních vědních oborů – technické vědy, vědy o neživé, lékařské a biologické vědy, společenské a humanitní vědy a zemědělské a biologicko-environmentální vědy. Funkční období členů předsednictva je čtyřleté s možností jmenování nejvýše na dvě funkční období po sobě následující. Statutárním orgánem GA ČR je její předseda. Předsednictvo schvaluje vyhlášení veřejných soutěží ve výzkumu a vývoji a rozhoduje o uzavření smluv o poskytnutí podpory, tedy o udělení grantů vědeckým projektům na základě hodnocení oborových komisí a panelů GA ČR. Předsednictvo dále koordinuje činnost těchto poradních orgánů, jmenuje a odvolává jejich členy.

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Pracujte v GA ČR – otevřena tři nová výběrová řízení

V současné době jsou otevřena následující výběrová řízení:

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Matematici využili numeračních systémů k porozumění kvadratickým formám

V roce 1770 proslulý francouzský matematik Joseph-Louis Lagrange dokázal, že každé přirozené číslo lze zapsat jako součet čtyř čtverců. Tedy pro každé přirozené n existují taková celá čísla a, b, c, d, že platí rovnost n= a^2+b^2+c^2+d^2. Takzvaná Lagrangeova věta o čtyřech čtvercích se zapsala do dějin matematiky.

O tři staletí později se kvadratické vzorce staly základem zkoumání vědeckého týmu pod vedením Mgr. Vítězslava Kaly, Ph.D., z Matematicko-fyzikální fakulty Univerzity Karlovy. Hlavním tématem projektu financovaného GA ČR bylo zkoumání takzvaných univerzálních kvadratických forem.

„Jde o velmi důležité téma v teorii čísel, které souvisí s celou řadou jiných matematických oblastí, od matematické analýzy až po post-kvantovou kryptografii. A právě proto mě baví se tomuto tématu věnovat. Líbí se mi totiž, jak kombinuje a propojuje složité teorie k řešení zdánlivě jednoduchých otázek,“ komentuje Vítězslav Kala, proč si vybral téma projektu s názvem Kvadratické formy a numerační systémy nad číselnými tělesy.

Cílem tohoto projektu bylo studovat univerzální formy nad číselnými tělesy, což jsou jistá rozšíření celých čísel například o komplexní odmocninu z -1. Jedním z klíčových nástrojů, které k tomu tým použil, byly numerační systémy. „Jeden numerační systém známe a používáme všichni: desítkovou soustavu. Pro mnohé otázky, ať už týkající se již zmíněných číselných těles nebo implementace v počítačích, je ale důležité pracovat s výrazně obecnějšími soustavami, tak jako jsme to dělali v rámci projektu,“ vysvětluje Kala.

V jeho týmu pracovali tři postdoci – Tomáš Hejda a Tomáš Vávra, kteří se věnovali zejména stránce numeračních systémů, a také analytický číselný teoretik Ezru Waxman z USA. „Také mám radost, že se mi povedlo do výzkumu zapojit řadu studentů, jak mé dva doktorandy, tak několik magisterských, ale i bakalářských studentů Matfyzu. V rámci Studentského semináře z teorie čísel dokázali několik pěkných výsledků, které vyšly ve dvou článcích v dobrých zahraničních časopisech,“ zdůrazňuje dr. Kala, jehož projekt byl hodnotiteli Grantové agentury České republiky hodnocen jako vynikající.

„Hlavní výzvou byla matematika jako taková: To, že typicky vůbec není jasné, z které strany se do problému zakousnout, abychom ho vyřešili. A také to, že člověk musí být smířený, že spousta věcí, které zkusí, nakonec vedou do slepé uličky.“

Jedním z klíčových nástrojů, které tým při řešení projektu používal, jsou tzv. kvadratické mříže. Ty přitom slouží jako základ pro post-kvantovou kryptografii, tedy šifrování, které odolá útokům kvantových počítačů. „V rámci práce na projektu jsme získali výborné porozumění těmto mřížím, možná lepší, než nakolik jim rozumí někteří kryptografové z praxe. V nejbližších pár letech se tedy chci věnovat i souvisejícím kryptografickým otázkám, jejichž praktické dopady by pak byly zcela zásadní,“ naznačuje Vítězslav Kala využití některých výsledků projektu v praxi.

Od letošního ledna Mgr. Vítězslav Kala, Ph.D., řeší pětiletý projekt JUNIOR STAR, který je také financovaný Grantovou agenturou České republiky. „V jeho rámci chci výrazně prohloubit dosavadní porozumění univerzálním formám a propojit je s dalšími klíčovými objekty v teorii čísel, jako jsou třídová čísla. Jedná se o velký a ambiciózní projekt. Kdyby se nám to s mými čtyřmi postdoky povedlo, mohlo by to být vskutku přelomové,“ věří Vítězslav Kala.

Mgr. Vítězslav Kala, Ph.D.Mgr. Vítězslav Kala, Ph.D., absolvoval Matematicko-fyzikální fakultu Univerzity Karlovy, následně strávil 4 roky na doktorském studiu v USA na Univerzitě Purdue. Poté působil několik let jako postdok v Bonnu a Göttingenu v Německu, než se v roce 2017 vrátil na Matfyz. Ve svém výzkumu se zaměřuje na teorii čísel a související oblasti algebry a rád do něj zapojuje i studenty. Vedle řešení grantů aktuálně působí v GA ČR také jako místopředseda hodnoticího panelu Matematika a informatika.

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Informace pro navrhovatele projektů JUNIOR STAR: Posudky jsou dostupné v GRIS

Grantová agentura České republiky zveřejnila dne 2. 11. 2021 seznam projektů JUNIOR STAR určených k financování od roku 2022. Žadatelé, kteří do těchto soutěží podali návrh projektu, naleznou jeho hodnocení v Grantovém informačním systému GRIS.

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Prestižní granty JUNIOR STAR získá 16 začínajících vědců

Grantová agentura České republiky (GA ČR) od příštího roku podpoří 16 projektů, které uspěly v soutěži JUNIOR STAR. Pětileté projekty s rozpočtem až 25 milionů Kč mají za cíl podpořit ty nejlepší začínající vědce do 8 let od získání titulu Ph.D. Umožní jim jednak se věnovat vlastním vědeckým tématům, ale také založit vlastní výzkumnou skupinu. Polovina podpořených projektů bude řešena v rámci Akademie věd ČR.

„Soutěž JUNIOR STAR si klade za cíl identifikovat projekty mladých řešitelů, kteří mají vysoký potenciál dosáhnout světově významných výsledků a zároveň mají ambici se vědecky osamostatnit. Podobně jako u soutěže EXPRO se jedná o exkluzivní granty – je vybráno pouze malé procento projektů, jejichž řešitelům je poskytnuta nadstandardní podpora na dobu pěti let. Začínající vědci získávají větší badatelskou svobodu, zároveň ale také doufáme, že udělení grantu je vzkazem pro instituce, kde působí, že od nich lze očekávat vynikající výsledky i v budoucnu,“ řekl doc. RNDr. Petr Baldrian, Ph.D., a dodal: „Podpora mladých vědců je jednou z priorit GA ČR. V letošním roce jsme pro mladé vědce  po získání doktorátu poprvé vypsali soutěž POSTDOC INDIVIDUAL FELLOWSHIP, zaměřenou na vědeckou mobilitu. Mladí vědci – studenti i postdoktorandi – jsou ale také významnou součástí týmů standardních či mezinárodních projektů, kde mohou získat praktické zkušenosti s výzkumem.“

V druhém ročníku soutěže JUNIOR STAR je doporučeno k financování celkem 16 projektů z celkem 315 podaných návrhů. Polovina podpořených projektů bude řešena od příštího roku na Akademii věd České republiky, tři projekty na Masarykově univerzitě v Brně a dva na Českém vysokém učení technickém v Praze. Po jednom projektu pak na České zemědělské univerzitě v Praze, Jihočeské univerzitě v Českých Budějovicích a na Vysoké škole chemicko-technologické v Praze.

Na hodnocení návrhů projektů JUNIOR STAR se podílejí výhradně zahraniční vědci doporučení mezinárodní agenturou Science Connect. Hodnocení probíhá ve dvou fázích, přičemž každý návrh projektu hodnotí přinejmenším čtyři zahraniční odborníci z dané výzkumné oblasti.

Seznam doporučených projektů

Registrační čísloNavrhovatelNázevUchazečDoba trvání
22-06008MIng Prokop Hapala, PhDPočítačový návrh templatoveho sestavování, replikace a syntézy na iontových površíchFyzikální ústav AV ČR, v.v.i.5
22-11299MIng. Petr Kovaříček, Ph.D.Reakční sítě na fázových rozhraních pro dynamickou samoskladbuFakulta chemické technologie, Vysoká škola chemicko-technologická v Praze5
22-17593MMgr. Kateřina Sam, Ph.D.Kolaps ekosystémů v nepřítomnosti pavouků a ptáků?Přírodovědecká fakulta, Jihočeská univerzita v Českých Budějovicích5
22-18033MIng. Tomáš Fíla, Ph.D.Dynamika rázů s využitím rychlé rentgenové radiografie a zábleskového rentgenového zdrojeFakulta dopravní, České vysoké učení technické v Praze5
22-18424MJan Perner, Ph.D.Funkční genomika a symbio-genomika v klíšťatechBiologické centrum AV ČR, v.v.i.5
22-20303MMgr. Hana Sedláčková, Ph.D.Dešifrování počátků replikace DNA v integritě genomuBiofyzikální ústav AV ČR, v.v.i.5
22-20342MRNDr. Tomáš Slanina, Ph.D.Organické solární elektrické baterie používající ukládání elektronů do chemických vazebÚstav organické chemie a biochemie AV ČR, v.v.i.5
22-21743MDr. Madalina Bianca MoraruRole soudů ve formování přístupu k azyluPrávnická fakulta, Masarykova univerzita5
22-22000MDr. Dominik KriegnerMultipólové antiferromagnety: Nové vzájemně propojené kapitoly v krystalografii, pásové strukture a elektroniceFyzikální ústav AV ČR, v.v.i.5
22-23183MRNDr. Zuzana Kúkelová, PhD.Nová generace algoritmů pro řešení problémů geometrie kamerFakulta elektrotechnická, České vysoké učení technické v Praze5
22-28659MMgr. Filip Hrbáček, Ph.D.Vliv změny klimatu na dynamiku periglaciálního prostředí v oblasti Antarktického poloostrovaPřírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita5
22-30571MRNDr. David Sehnal, Ph.D.Cell*: webová platforma pro vizualizaci, modelování a dynamiku organelových a buněčných strukturPřírodovědecká fakulta, Masarykova univerzita5
22-33162MOle Jann, PhDData, algoritmy, moc: Ekonomické teorie informační společnostiNárodohospodářský ústav AV ČR, v.v.i.5
22-33266MIoannis MarkonisVyhodnocení intenzifikace suchozemského hydrologického cykluFakulta životního prostředí, Česká zemědělská univerzita v Praze5
22-33877MMgr. Kateřina Rohlenová, Ph.D.Mezibuněčná komunikace nukleotidů: přehlížený cíl pro nové protirakovinné přístupyBiotechnologický ústav AV ČR, v.v.i.5
22-35680MRoman Pleskot, Ph.D.4D buněčná přepážkaÚstav experimentální botaniky AV ČR, v.v.i.5

 

Výsledky ostatních grantových soutěží vyhlášených GA ČR budou oznámeny 6. prosince 2021.

Podívejte se na aktuální díl seriálu představující projekty JUNIOR STAR, které uspěly v minulém roce.

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Projekty JUNIOR STAR 2022 budou oznámeny již 2. listopadu

Díky ochotě a nasazení hodnotitelů se GA ČR podařilo ukončit hodnoticí proces soutěže JUNIOR STAR v původně plánovaném termínu, jeho výsledky tak budou zveřejněny již 2. listopadu. Termín zveřejnění výsledků byl původně odložen na začátek prosince proto, že GA ČR na jaře vyšla vstříc požadavkům vědecké komunity a prodloužila termín pro podávání návrhů projektů. Reagovala tak na mimořádnou situaci, kdy badatelům i hodnotitelům znesnadňovala práci tehdejší protipandemická opatření.

„Jsem rád, že se nám výsledky soutěže JUNIOR STAR podaří vyhlásit již na začátku listopadu. Vědci, jejichž projekty budou vybrány k financování, tak budou mít více času se na jejich řešení připravit. To je důležité i kvůli tomu, že se často jedná o projekty, v jejichž rámci vznikají nové vědecké týmy. Vynikajícím začínajícím vědcům navíc přinesou možnost se badatelsky osamostatnit, tedy zaměřit se na vlastní témata. Minulý rok tento druh grantů přilákal do České republiky i řadu nadějných badatelů ze zahraničí,“ řekl člen předsednictva GA ČR doc. RNDr. Petr Baldrian, Ph.D.

Soutěž JUNIOR STAR, která nabízí excelentním mladým řešitelům nadstandardní podporu až 25 mil. Kč na dobu pěti let, byla poprvé vyhlášena minulý rok a zájem o ni překonal očekávání. Stejně jako soutěž EXPRO jsou návrhy projektů JUNIOR STAR hodnoceny výhradně zahraničními panely odborníků.

Výsledky ostatních grantových soutěží GA ČR oznámí v plánovaném termínu na začátku prosince.

Podívejte se na aktuální díl seriálu, ve kterém představujeme podpořené projekty JUNIOR STAR.

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Jeseteři jsou na pokraji vyhynutí, pomoci mohou klony

Jeseteři žijí na naší planetě již od dob dinosaurů a zachovali si některé archaické a dnes již mezi ostatními obratlovci unikátní znaky. Přestože jsou jeseteři evolučně velmi úspěšní, čelí dnes vyhynutí. V tzv. červené knize ohrožených zvířat je 16 z 27 druhů jeseterů klasifikováno jako kriticky ohrožení.

„Evidentně je na vině člověk, který při honbě za kaviárem vydrancoval většinu jeseteřích populací. Nemalou měrou je na vině rovněž znečištění vodních toků a výstavba přehrad, které brání jeseterům při jejich migracích za reprodukcí. Proto jsme se začali zabývat vývojem metod, které mají za cíl ochranu a genetickou konzervaci jeseterů,“ říká doc. Ing. Martin Pšenička, Ph. D., z Fakulty rybářství a ochrany vod Jihočeské univerzity v Českých Budějovicích, který vedl projekt podpořený Grantovou agenturou České republiky s názvem „Jaderný transfer u ryb: šance pro obnovení mizejících druhů jeseterů.”

Oplození somatickou buňkou

Vědci se vydali dvěma směry. Prvním byl klasický jaderný transfer. Podstata metody je jednoduchá. Vezme se buňka ohroženého druhu jesetera, například z ploutve, a injikuje se do vajíčka náhradního blízkého druhu. Vajíčko je tedy „oplozeno“ nikoliv spermií, ale somatickou buňkou. Vajíčko z nějakého důvodu pozná, že je přítomná buňka diploidní (obsahuje kompletní informaci ke vzniku jedince) a genetickou informaci vajíčka vyloučí. Výsledný organismus je klon, který má jadernou genetickou informaci pouze somatické buňky donora. Druhým směrem bylo využití unikátního fenoménu polyspermie u jeseterů, tedy oplození jednoho vajíčka více spermiemi.

Rýhování embya jesetera maléhoRýhování embya jesetera malého

„Tato vlastnost by mohla být využita k obnově druhu pouze ze spermie a vajíčka náhradního druhu. Zde je nutné si uvědomit, že vajíčka ryb nepřežívají zamražení. Uchování genetického materiálu ve zmraženém stavu lze tedy pouze v podobě spermií či buněk,“ vysvětluje doc Pšenička.

Hlavní výzvou při řešení projektu bylo zvýšení životaschopnosti výsledných klonů. Na jednu stranu je totiž tato metoda u ryb velmi zvýhodněna externím oplozením a vývojem, ovšem na druhou stranu mají klonované ryby obecně velmi malé přežití, a to včetně modelových druhů, jako jsou dánio pruhované, karas obecný nebo medaka japonská. U těchto druhů lze získat okolo 20 % embryí, přičemž nejlepšího výsledku bylo dosaženo při získání cca 2 % dospělců. „V naší práci se nám po řadě optimalizací podařilo získat přes 60 % embryí u různých druhů jeseterů. Bohužel po stadiu blastuly přicházely další velké ztráty,“ říká Martin Pšenička.

Životaschopné hybridy

Velkým překvapením pro vědecký tým bylo zjištění, že po vniknutí více spermií do vajíčka se embrya normálně vyvíjela. Po analýze vzniklých polyspermních embryí vědci zjistili, že jedna spermie splyne s prvojádrem vajíčka a vytvoří zygotu, jedna až tři spermie vytvoří blastomery (embryonální buňky), které se vyvíjí samostatně s genetickou informací pouze od otce a další spermie (až desítky) zanikají. Část buněk nesoucí pouze otcovskou jadernou genetickou informaci se diferencuje do zárodečných buněk, a předává tak (zatím jen teoreticky) genetickou informaci do další generace. „Pokud víme, tak se jedná o unikátní mechanismus oplození. Tento objev nám dal možnost vytvořit první životaschopné hybridy, vzniklé ze tří rodičů různých druhů: jesetera ruského, jesetera sibiřského a jesetera malého. Jeden potomek tak měl jednu matku a dva otce, kde spermie jednoho druhu fúzovala s prvojádrem vajíčka druhého druhu (diploidní linie) a spermie třetího druhu vytvořila samostatnou klonální haploidní linii,“ vysvětluje docent Pšenička.

Jeseter_malyJeseter malý

Jesetery lze klonovat

Nejdůležitějším závěrem projektu je, že jesetery lze klonovat, tedy obnovit genomovou informaci jedince z neinvazivně odebrané somatické buňky. Tyto buňky lze bez problémů dlouhodobě uchovávat zamražené v tekutém dusíku.

Rozhodujícím krokem optimalizace jaderného transferu byla zdánlivá maličkost, množství buněk potažmo jader somatických buněk, které byly injikovány do vajíčka. Se zvyšujícím se počtem buněk se zvyšovalo i přežití klonů.

Tuto schopnost vajíčka akceptovat více jader lze přirovnat ke schopnosti akceptovat více spermií – polyspermii.

Centrum výzkumu jeseterů

Ve Francii a Německu vědci pracují na ochraně a obnově jesetera velkého, který byl mimochodem i původním druhem v České republice. Nyní je tento druh, jako řada dalších, na pokraji vyhynutí. Zahraniční vědci dlouhodobě podněcovali myšlenku aplikace jaderného transferu na jesetery. „Kolegové ve Francii mají již dlouholeté zkušenosti s jaderným transferem u karasa obecného, ale na práci s jesetery nemají zázemí. Naše laboratoř s nimi na toto téma navázala spolupráci a domluvili jsme se, že metodu přeneseme na jesetery. Máme ve Vodňanech unikátní sbírku jedenácti druhů jeseterů a mezi nimi i jesetera malého, kterého jsme si zvolili jako modelový druh,“ uvádí doc. Pšenička. Tato ryba dospívá relativně brzy (4-5 let) a jak jeho druhový název napovídá, tak má relativně nízké nároky na prostor. Na Fakultě rybářství a ochrany vod zvládají výtěr této ryby od ledna až do června, což otevřelo možnosti širokého výzkumu. Díky tomu se tým vědců pod vedením doc. Martina Pšeničky dostal do povědomí řady výborných vývojových biologů z celého světa, kteří s ním nyní navazují spolupráci. Fakulta rybářství a ochrany vod se tak stala jakýmsi celosvětovým centrem výzkumu jeseterů.

doc. Ing. Martin Pšenička, Ph.D. se narodil 17. ledna 1981 v Karlových Varech. Vystudoval Střední rybářskou školu v Třeboni a následně Jihočeskou univerzitu v Českých Budějovicích, obor všeobecné zemědělství se specializací rybářství. Studium prohluboval dále na Univerzitě Hokkaido v Japonsku. Od roku 2010 působí jako akademický pracovník na Fakultě rybářství a ochrany vod na Jihočeské univerzitě v Českých Budějovicích a je zde vedoucím Laboratoře zárodečných buněk. Je hlavním pořadatelem významných mezinárodních konferencí a také hostujícím editorem v časopise Journal of Applied Ichthyology, Fish Physiology and Biochemistry a International Journal of Molecular Sciences.

Na úvodním obrázku: Larva jesetera malého.

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY

Nové vodivé polymery pro efektivnější skladování energie

Převrat ve vývoji flexibilních materiálů pro použití v elektronice a uchovávání energie si vědci slibují od nových originálních materiálů na bázi polymerů. Ty jsou dnes díky přípravě z dostupnějších surovin, smíšené elektronové a iontové vodivosti a možnosti modifikace vodivosti a stability považovány za kandidáty na efektivnější elektrody pro baterie a kondenzátory.

Rozvíjející se elektronika a požadavky na ekologičtější energetické aplikace stimulují vývoj nových materiálů pro baterie, superkondenzátory, palivové a solární články. Vědcům z Ústavu makromolekulární chemie AV ČR (ÚMCH AV ČR) se nyní v rámci tříletého projektu podařilo připravit nové vodivé materiály na bázi polymerů ve formě prášků, tenkých vrstev, kryogelů a hybridních kompozitů s funkcemi vhodnými hlavně pro elektrodové materiály pro přeměnu a skladování energie a katalýzu. „Během řešení projektu se ukázalo, že získané porézní materiály můžou být také využité jako adsorbenty nebo antibakteriální materiály,“ říká Dr. Patrycja Bober, vedoucí Oddělení vodivých polymerů v ÚMCH AV ČR. Výsledky výzkumu byly publikovány v renomovaných impaktovaných vědeckých časopisech: Journal of Materials Chemistry C, Journal of Colloid and Interface Science, Macromolecular Rapid Communications, Polymer apod. Celkem bylo publikováno 12 článků.

Polypyrol cryogel připravený s želatinouPolypyrol cryogel připravený s želatinou (vlevo) a ilustrace makroporézního morfologie odpovídajícího aerogelu (vpravo).

Hlavní komplikací úspěšného projektu bylo nalezení optimální doby kryopolymerace pro získání maximálního výtěžku připraveného polymeru v kryogelech a optimalizaci technologie čištění. „Kryopolymerace je velmi pomalý proces. Nyní již víme, že nám na ni stačí jeden týden, ale čištění materiálů trvá přibližně 3 měsíce. Bohužel, další komplikace nastala během pandemie, kdy jsme si museli zvyknout na komunikaci na dálku a na online schůzky namísto osobního jednaní a diskuzí nad výsledky,“ objasňuje Dr. Patrycja Bober.

Na vývoji nových vodivých materiálů spolupracovali vědci z ÚMCH se zahraničními kolegy z rakouského Wood KPlus – Kompetenzzentrum Holz GmbH, ze slovenského Ústavu polymérov SAV a ze srbské University of Belgrade. „Také jsme úzce spolupracovali se skupinou prof. Ing. Petra Humpolíčka, Ph.D., z Centra polymerních systémů Univerzity Tomáše Bati ve Zlíně. Během zkoumání biologických vlastností makroporézních a vodivých kryogelů jsme společně zjistili, že polypyrrolové kryogely stabilizované želatinou vykazují významný antibakteriální účinek bez dalších antibakteriálních látek, což je velmi slibné pro jejich potenciální využití také v biomedicínských aplikacích,“ popisuje Dr. Patrycja Bober.

Nově získané poznatky včetně jednokrokového kryopolymerizačního postupu nyní vědci využijí v rámci řešení dalšího projektu, podpořeného Grantovou agenturou ČR, který se věnuje přípravě a charakterizaci inovativních vysoce porézních vodivých polymerních materiálů a jejich kompozitů pro degradaci organických barviv, léčiv nebo těžkých kovů z odpadních vod.

Ing. Patrycja Bober, PhD.Ing. Patrycja Bober, Ph.D., je vedoucí Oddělení vodivých polymerů v Ústavu makromolekulární chemie Akademie věd České republiky. Po absolvování doktorského studia v oboru makromolekulární chemie na Přírodovědecké fakultě Univerzity Karlovy strávila šest měsíců na finské Åbo Akademi University. Se svou skupinou se věnuje přípravě vodivých polymerů a kompozitu chemickou oxidací nebo elektrochemickou polymerací s ohledem na řízení polymerní morfologie s vysokou elektrickou vodivostí. Její tým spolupracuje s řadou pracovišť v České republice a zahraničí (Rakousko, Srbsko, Finsko, Slovensko, Singapur apod.) v oblasti aplikací připravených materiálů.

Autor: Ústavu makromolekulární chemie AV ČR, na úvodní fotce vědecký tým Dr. Patrycje Bober v ÚMCH AV ČR

SOUVISEJÍCÍ ČLÁNKY